زمینۀ دیگری که کلیسا به طغیان و سرکشی روی آورد، میادین و زمینه‌های سیاسی بود، این موضوع طبیعی است که علما و اهل دین تسلط سیاسی بر امتی که به آن‌ها معتقد هستند، داشته باشند، بلکه حتی نمی‌توان تصور کرد که افرادی که مؤمن و متدین به شریعت الهی و برپایی آن هستند، تأثیر و نقشی در امور کشور و سیاست آن نداشته باشند.
اما آن‌چه که هرگز صحیح و درست نخواهد بود آن است که مردان دین تبدیل به طاغوت‌ها و سیاست‌مداران تحریف‌گری بشوند که شریعت الهی را دور بیندازند و آن را چیزی حساب نکنند و به‌جای آن، شهوت افسارگسیخته درجهت سلطه بر دیگران و رغبت بی‌پایان در زمینۀ استبداد را جایگزین کنند.
شکی نیست که هدف اساسی کلیسا، راست‌سازی و اصلاح انحرافات ملوک و پادشاهان و تعیین فشار بر آن‌ها در هنگام تجاوز و تخطی از اوامر الهی و تعالیم دینی بوده است و هیچ‌گاه نباید از این وظیفه شانه خالی می‌کرد، اما این‌که خود کلیسا در زمینۀ تحریف و تغییر دین نقش بگیرد و سپس خود را بالادست و رهبر معنوی پادشاهان و امرا قرار دهد و آن‌ها را وادار به کرنش در پیش‌گاه خود بکند و معیار صلاح آن‌ها را منوط به میزان خدمتی که برای کلیسا می‌کنند و نه میزان رعایت حدود الهی و پایبندی به آن‌ها، قرار دهد، این موضوعی بسیار بد و رسواکننده خواهد بود.
پادشاهان اروپا از دخالت‌های کلیسا در همۀ امور به‌ویژه امور سیاسی به‌تنگ آمده بودند. آن‌ها هیچ دلیلی و علتی برای این دخالت نمی‌یافتند، حتی از نگاه پادشاهان اروپا، مردان کلیسا و معتقد به دین هیچ برتری بر آن‌ها نداشتند مگر همان «قداست»ی که ادعای آن را داشتند. «هربرت فیشر» مؤرخ اروپایی و مؤلف کتاب «تاریخ اروپا» می‌نویسد: «خانواده‌های حاکم در اروپا بقای خود را از تعلقی که با یکی از قدیسین داشتند، ممتد می‌کردند. آن‌ها قداست خود را از این مسیر ارث می‌بردند و پس از آن، مردم عادی آن‌ها را در مورد کارهای‌شان مورد مؤاخذه قرار نمی‌دادند؛ زیرا آن‌ها مقدس بودند.»
پادشاهان اروپایی تلاش‌های بی‌شماری کردند تا خود را از زیر سلطۀ کلیسا نجات دهند، اما هیچ‌گاه در این کار موفق نشدند، «ادوارد اول»، پادشاه انگلیس و «فلیپ چهارم» معروف به «فلیپ زیبا» پادشاه فرانسه اعلان کردند که برای رسیدن به بهشت لازم نیست پادشاه در مقابل پاپ کرنش کند.
آن‌ها تلاش می‌کردند تا کلیسا را از سرپرستی بر امور مملکت‌داری و پادشاهی باز دارند، اما آن‌ها در این کار خود ناکام بودند؛ زیرا کلیسا معتقد بود که فرمان‌بری پادشاهان از کلیسا امر مستحبی نیست بلکه واجب است و این مقتضای مرکزیت دینی کلیسا و سلطۀ روحانی آن است.
همین موضوع را پاپ «نقولای اول» چنین بیان کرده است: «همانا فرزند خدا (نعوذبالله) کلیسا را به‌وجود آورده است؛ به‌گونه‌ای که «فرستاده پطروس» را اولین رئیس آن قرار داد و اسقف‌های روم این سلطۀ پطروس را نسل به نسل به ارث برده‌اند، به همین علت، پاپ نمایندۀ خداوند روی زمین است و لازم است که رهبری بالا و پادشاهی بزرگ بر تمام مسیحیان از آنِ وی باشد، خواه آن مسیحیان حاکم باشند یا محکوم.»
پاپ سرکش، «گریگوری هفتم»، اعلان کرده بود که کلیسا به علت این‌که نظام الهی است، شایسته است که دارای سلطۀ جهانی باشد و یکی از حقوق و وظایف پاپ در لباس جانشینی خدا در زمین این است که پادشاهان ناصالح را خلع قدرت بکند و انتخاب حکام و لقب آن‌ها توسط مردم را تایید یا رد بکند.»
با این ادعاها آن‌ها بر پادشاهان سلطه و سیادت داشتند و حتی آن‌ها را تمسخر نیز می‌کردند و آن‌ها را متهم به انواع جنایات و فریب‌کاری می‌کردند. کلیسا همواره دارای سلطۀ روحانی و تعیین نظام‌ها و استبداد مطلق در قرون وسطی بود و پاپ‌ها تنها کسانی بودند که امرا و پادشاهان را تاج‌گزاری می‌کردند و پادشاهان فاسد و نافرمان را عزل و خلع منصب می‌کردند و هیچ کس توانایی سرپیچی از حکم آن‌ها را نداشت و هرکس تمرد می‌کرد، برای پاپ‌ها جایز بود که علیه وی اعلان جنگ صلیبی بکند و او و ملت او را تحریم کند.
داستان‌های بی‌شماری از مخالفت پادشاه با پاپ و سپس تحریم و طرد وی از جهت کلیسا و برداشت انواع مشقت‌ها توسط پادشاه نقل شده است. در بریتانیا، در میان پادشاه «هنری دوم» و «توماس بکت» رئیس اسقف‌های «کنتربری» نزاع و درگیری به‌وجود آمد. علت آن، دستوری بود که پادشاه در جهت لغو مصونیت‌هایی که رجال دینی از آن برخوردار بودند، صادر کرد. سپس رئیس اسقف‌ها ترور شد و مسیحیان از این اتفاق بسیار وحشت‌زده شدند و انتقام او را از هنری گرفتند و او را از همه چیز تحریم کردند.
در نتیجه، پادشاه به مدت سه روز در حجرۀ خود گوشه‌گیری کرد و هیچ غذایی نخورد. سپس دستور دستگیری قاتلان را داد و پاپ را از جریمه معاف دانست و وعده کرد که به هر صورتی که پاپ بخواهد، کفارۀ گناهان خود را اجرا بکند. دستور قبلی خود را نیز لغو کرد و همۀ حقوق و املاک کلیسا را به آن بازگرداند، اما باوجود همۀ این کارها، بازهم نتوانست بخشش کلیسا را به‌دست بیاورد، تا این‌که با پای پیاده و برای حج، به کنتربری آمد و سه میل پایانی را بر راهی بر سنگ‌های چخماقی با پاهای برهنه و درحالی‌که خون از آن‌ها جاری بود، پیاده‌روی کرد. سپس روبه‌روی قبر دشمن خود به شکم خوابید و از راهبان خواست تا او را با شلاق‌ها بزنند. او ضربه‌های آنان را به جان خرید و همۀ این توهین‌ها را در راه کسب رضایت پاپ و پیروان او برداشت کرد.
اما بزرگ‌ترین پادشاهی که با سلطه و حاکمیت کلیسا به نبرد برخاست و تا زمان مدیدی با آن مقاومت کرد، «فردریش دوم» بود. علت اصلی این صلابت وی، تاثیر فرهنگ و اندیشۀ اسلامی در شخصیت وی بود. او به‌خوبی عربی حرف می‌زد و از تمدن اسلامی متاثر بود، به‌گونه‌ای که کلیسا او را متهم به اسلام‌آوردن کرده بود و او را «زندیق بزرگ» نام‌گزاری کرده بود. اما نویسندگان امروز وی را «اعجوبۀ جهان» و بعضی نیز او را «اولینِ نوگرایان» دانسته‌اند.
وی حمله بر مناطقی از شرق که توسط کلیسا صادر شده بود را رد کرد و بدین‌صورت با اوامر کلیسا مخالفت کرد و برای اولین بار تلاش کرد تا در میان کلیسا و حاکمان سکولار که نواندیش هستند، جدایی بیاورد.
این نوع طغیان سیاسی کلیسا بر ممالک اروپایی و پادشاهان آن سرزمین‌ها، فضا را برای گسترش سکولاریسم و جدایی دین از سیاست، روز به‌روز بازتر می‌کرد.
