هر آیین و مکتبی برای پیشبرد اهداف و پلان‌های ساختارمند خود متکی بر یک مرکز است. هابارد، بعداز این‌که ساینتولوژی را یک آیین معرفی کرد، کلیسای مرکزی بنام کلیسای ساینتولوژی را برای پیشبرد اهداف و آیده‌های خود و جذب افراد در سال ۱۹۵۴ میلادی، پایه‌گذاری نمود.
کلیسای ساینتولوژی خود را یک سازمان غیرانتفاعی که خویش را وقف توسعه و پالایش روح انسانی و همچنان ارایۀ برنامه‌های مشاوره‌ای کرده است، مطرح می‌کند؛ اما از طرف برخی افراد، سازمان‌ها و کشورها نقدهای سختی متوجه این کلیسا شده است. مثلاً در آسترلیا کلیسای ساینتولوژی یک نهاد قانونی شمرده می‌شود؛ اما به‌خاطر اتهاماتی که علیه این کلیسا شده است، تصویر درست و مثبت در کانادا از آن موجود نیست. انگلیس و کانادا دید مثبت نسبت به ساینتولوژی ندارند، آن را یک سازمان مرموز با پلان‌ها شوم تلقی می‌کنند. کشورهای اروپایی مثل آلمان و فرانسه، این سازمان و کلیسای آن را مرکز تجاری می‌دانند که به هدف کسب درآمد و منافع مادی به‌میان آمده است، برخی دیگر کشورهای اروپایی آن را یک فرقۀ بسیار خطرناک دانسته است و حتی فعالیت آن را محدود کرده‌اند. برخی هم آن را سازمانی می‌داند که به هدف نفوذ در دولت ایجاد شده است؛ لکن برخی از کشورها ساینتولوژی و کلیسای آن را پذیرفته‌اند. آمریکا به کلیسای ساینتولوژی عنوان «نهاد عمومی خیریه» را می‌دهد و اجازۀ فعالیت نیز داده است. از کشورهای اروپایی: ایتالیا، اسپانیا، تایلند آن را به رسمیت شناخته و اجازۀ فعالیت داده‌اند؛ اما با این وجود یک سازمان خطرناک و مرموز بودنش انکارناپذیر است.
الف: اهداف کلیسای ساینتولوژی
کلیسای ساینتولوژی به‌عنوان مرجع و مرکز اصلی آیین ساینتولوژی اهداف زیر را دنبال می‌کند:
۱. ارتقای سطح فرد و جامعه: کلیسای ساینتولوژی ادعا می‌کند که هدف آن کمک به مردم برای رسیدن آن‌ها به قدرت کامل و سپس «وضعیت عملیاتی تِتان» است، یعنی وضعیتی که در آن فرد کاملاً از تأثیرات منفی گذشته (به‌ویژه «انگرام‌ها» یاخاطرات دردناک ناخودآگاه) رهایی یافته و توانایی کامل کنترول ذهن و محیط خود را دارد. به عبارت ساده اگر گفته شود، از دیدگاه ساینتولوژی انسان‌ها در اصل یک موجود شاد با ذهن ارتقایافته و روشن هستند، اما به‌سبب انگرام‌ها (مشکلات و دردهای ذهنی و فکری) ذهن و عملکردشان کند و ضعیف شده است، ساینتولوژی آن‌ها را با ارایۀ روش‌درمان‌ها و برگزارای درس‌ها و سمینار‌ها به ذهن و روح شاد و ارتقایافته مبدل می‌سازد.
۲. بهبود جامعه و اجتماع: دومین هدف عمدۀ ساینتولوژی، بهبود جامعه و اجتماع است. از دیدگاه ساینتولوژی اگر فرد بهبود یابد، جامعه نیز بهبود و آرامش می‌یابد. بنابراین از اهداف عمده و عالی ساینتولوژی تمیز و رهایی جهان از مشکلات روانی، جنایت، جنگ و فقر است؛ در حالی‌که این فرایندها بدون تسلیم و گردن‌نهادن به آموزه‌های عالی و نجات‌بخش دین مبین اسلام ناممکن است. (در مبحث افکار و عقاید، این بحث به‌صورت تفصیلی از دیدگاه اسلام مورد بررسی قرار خواهد گرفت.)
۳. کلیسای ساینتولوژی انسان را به اصطلاح خودشان یک «تِتان» می‌داند – یعنی یک موجود روحانی جاودانه – که در بدن زندگی می‌کند. هدف نهایی، آزادی تتان از چرخۀ تولد و مرگ و رسیدن به قدرت و آگاهی کامل است. یعنی آن‌ها ادعا دارند آموزه‌های ساینتولوژی می‌تواند انسان‌ها را از محدودیت‌های روحی و ذهنی رهایی بخشد.
ب: طرح‌ها و برنامه‌های کلیسای ساینتولوژی
کلیسای ساینتولوژی برای رسیدن به‌اهداف خود، متکی بر برنامه‌ها و طرح‌های زیر است:
۱. آدیوتینگ (Auditing): یک مورد مشاوره‌ای است که در آن یک آدیتور (auditor) با به‌کارگیری دستگاهی بنام الکترو-سایکومتر به فرد کمک می‌کند که تا خاطرات منفی و غم‌زای گذشته به‌ویژه از زندگی‌های گذشته را شناسایی نموده و خنثی کند.
البته از دید ساینتولوزیست‌ها، این فرایند به‌تدریج و پله‌به‌پله پیش می‌رود و وقتی به سطح بالاتری برسد، انسان به روشن‌بینی و قدرت کامل می‌رسد و سرانجام به زندگی سرشار از خوشی و طمأنینه دست می‌یابد.
۲. فعالیت‌های اجتماعی و فرهنگی: کلیسای ساینتولوژی برنامه‌های اجتماعی و فرهنگی را برای جذب عموم مردم و تبلیغ ساینتولوژی به‌کار می‌گیرد. برنامۀ نارکوبی که برای ترک اعتیاد راه‌اندازی می‌شود. برنامۀ دیگری بنام «کریمینون» برای اصلاح مجرمان و برنامۀ آموزشی زیر نام «اپلاید شولوژی» نیز برگزار می‌شوند.
۳. فعالیت‌های حقوقی و سیاسی: کلیسای ساینتولوژی غیراز فعالیت‌های روحانی، اجتماعی و فرهنگی در راستای حقوقی و سیاسی نیز فعالیت می‌نماید. این کلیسا برای آزادی مذهبی و حقوق بشر (به‌ویژه از دیدگاه خودش) به شدت فعالیت می‌نمود.
این‌کلیسا برای خدمت‌رسانی به افراد نخبه، مشهور و متخصص یک بخش ویژه‌ای را اختصاص داده است. چنان‌که این بخش توانسته است بعضی افراد مشهور و سینماگر را جلب این کلیسا و سازمان نماید. از آن‌جمله می‌توان، جان تراولتا، کلی پریستون، کرستی انی، بک هانسن، جیسن لی و تام‌کروز را نام‌برد.
تام‌کروز یکی از سینما‌گران مشهور هالیوود در سال ۲۰۰۵ میلادی، به عنوان یکی از حامیان پر و پا قرص ساینتولوژی مطرح شد و حتی در برنامۀ تلویزیونی استفاده از داروهای ضد افسردگی را به‌شدت زیر سوال برد. در ژوئن سال ۲۰۰۴ میلادی، وی طی برنامۀ دیگری از خطرات روان‌پزشکی و استفاده از داروهای مورد تجویز آن‌ها سخن به‌میان آورد. پس از این برنامه، مصاحبه‌ای نیز با روان‌پزشکان در خصوص صحت اظهارات تام‌کروز به عمل آمد و این افراد نیز گفتند که هنوز مشخص نیست که واقعاً داروهای ضد افسردگی اثر مثبتی دارند یا خیر. منتقدان ساینتولوژی می‌گویند توجهی که نسبت به افراد مشهور حامی ساینتولوژی ابراز می‌شود کاملاً با حامیان عادی ساینتولوژی متفاوت است؛ زیرا کلیسای ساینتولوژی از افراد و چهره‌های مشهور برای تبلیغ خود استفاده می‌کند.[1]
۴. طرح گالکتیکی: در سطوح پیشرفته‌تر ساینتولوژی به‌ویژه ot lll باورهای شگفت‌انگیزی وجود دارد، باوری‌که از نظر دینی و علمی بعید به‌نظر می‌رسد. آن این‌که آموزه‌های ساینتولوژی این باور را مطرح می‌کند که یک فدراسیون کهکشانی و یک دیکتاتور به‌نام «زنو» (xenu) و حملۀ جمیعت‌کشی ملیاردها سال پیش صورت گرفته است.
از نظر کلیسای ساینتولوژی رسیدن به این باور بخشی از اسرار مقدس ساینتولوژی هستند و بعد از پرداخت هزینه‌های سنگین و هنگفت و همچنان تعهد کامل با کلیسا، این باورها به دسترس فرد قرار می‌گیرند.
ج: چگونگی روابط کلیسای ساینتولوژی با کلیساهای مسیحی
ساینتولوژی به‌عنوان یکی از آیین‌های باطل خودخوانده، ادعا دارد که با همۀ ادیان جهان منطبق است و هیچ تضادی با آن‌ها ندارد. از کلیسای ساینتولوژی نیز این سخن مطرح شده است که این سازمان به همۀ ادیان احترام دارد و با آموزه‌های آن‌ها درگیری ندارد؛ اما این ادعای‌شان غلط است، زیرا این کلیسا بارها با سایر فرقه‌ها و کلیساهای مسیحی درگیری داشته است. از نقل‌ها برمی‌آید که این کلیسا با کلیسای انگلیس، کلیسای ارتدوکس روسیه، کلیسای لوتری مناقشاتی داشته است و این سه کلیسا همیشه از فعالیت‌های کلیسای ساینتولوژی انتقاده داشته و آن را رد کرده‌اند. انتقادشان ریشه بر عدم اعتقاد و رد آن‌ها بر عیسی مسیح علیه‌السلام دارد؛ به گفتۀ کلیساهای مزبور، کلیسای ساینتولوژی دیدگاه‌های عجیب و غریب و عقاید انکارانه نسبت به حضرت عیسی علیه‌السلام دارد. این ادعای‌شان بی‌جا نیست، زیرا از برخی آموزه‌های ساینتولوژی برمی‌آید که، هابرد باور دارد که مسیح علیه‌السلام هرگز وجود نداشته است بلکه در حافظۀ جمعی از انسان‌ها حک شده است. و پیروان ساینتولوژی نیز دیدگاه انکارانه نسبت به حضرت مسیح علیه‌السلام داشته است. ازاین‌رو، کلیساهای بزرگ مسیحی همیشه با این کلیسا مناقشه داشته و دید مثبت در مورد آن نداشته‌اند.
