با وجود رفتار نیکو و حمایت بی‌دریغ مسلمانان از مسیحیان و ارائۀ خدمات فرهنگی چشم‌گیر به پیروان این آیین، اروپائیان در مقاطع مختلف تاریخی خصومت‌ها و کینه‌توزی‌های بی‌رحمانه‌ای را نسبت به مسلمانان بروز دادند.
«استاولیپولد فایس» در کتاب اسلام بر سر دوراهی می‌نویسد: «نهضت یا احیای علوم و فنون اروپایی که به بهره‌گیری گسترده از منابع اسلامی وابسته بود، بیشتر به پیوند میان شرق و غرب مرتبط است. اروپا، فراتر از آنچه تصور می‌شود، از جهان اسلام بهره‌مند شد. با این حال، این نیکویی را نادیده گرفت و هرگز نه اعتراف کرد و نه ارج نهاد. سزاوار بود اروپا به جای دشمنی و کینه‌ورزی، از این نیکی قدردانی کند؛ اما نه تنها چنین نکرد، بلکه این خصومت در گذر زمان رشد یافت و چنان عمیق شد که کلمهٔ مسلمان موجی از احساسات منفی را در میان آنان برمی‌انگیخت.»
یکی از جلوه‌های آشکار این کینه‌توزی، جنگهای صلیبی بود. این جنگ‌ها که هشت مرحله داشتند، به‌طور عمده از تعصبات مذهبی و تحریکات مبلغین مسیحی سرچشمه گرفت. کشیشی که به زیارت تربت عیسی در بیت‌المقدس رفته بود، از اینکه این سرزمین مقدس در دست مسلمانان است، خشمگین شد و مردم مسیحی را به جنگ تحریک کرد.
پاپ اوربان دوم فرانسوی، مجمعی در کلرمون برگزار کرد و با تشویق روحانیون و اربابان کلیسا، مسیحیان را به جنگ با مسلمانان فراخواند. به دلیل اینکه هر کسی‌که در این جنگ شرکت می‌کرد، صلیبی سرخ بر شانهٔ خود داشت، این جنگ‌ها صلیبی نامیده شدند.
در جریان این جنگ‌ها، پس از حمله‌ای وحشیانه و کشتاری بی‌رحمانه در ششم ژوئیهٔ ۱۰۹۹ م، بیت‌المقدس به تصرف مسیحیان درآمد؛ اما دیری نپایید که صلاح‌الدین ایوبی با رشادت و شجاعتی مثال‌زدنی، در سپتامبر ۱۱۸۷م (۵۸۳ هـ.ق) بیت‌المقدس را بازپس گرفت. با ورود مسلمانان به این شهر، پرچم‌های اسلامی بر دیوارها برافراشته و مساجد از مجسمه‌ها و صلیب‌ها پاک‌سازی شد. این نبرد به جنگ حطین شهرت یافت.
«آلبرماله» در تاریخ خود می‌نویسد: «گودفری دو بوین، فرماندهٔ سپاه مسیحی، در گزارشی به پاپ چنین نوشت: “اگر می‌خواهید بدانید با دشمنانی که در بیت‌المقدس به دست ما افتادند چه معامله شد، بدانید که افراد ما در رواق سلیمان و معبد، در میان دریایی از خون مسلمانان می‌تاختند؛ خون تا زانوی مرکب می‌رسید.”»
«گوستاو لوبون» نقل می‌کند: «لشکریان ما مانند شیری که توله‌اش ربوده شده باشد، از قتل عام مسلمانان لذت می‌بردند. آنان اطفال را قطعه‌قطعه و جوان و پیر را از دم تیغ می‌گذرانیدند. شکم کشته‌ها را برای یافتن جواهرات می‌دریدند و تمام کسانی را که به قصرها پناه برده بودند، قتل‌عام میکردند.»
«گوستاولوبون» اعتراف می‌کند که: «قبائح اعمال و کردار مجاهدین صلیب در تمام لشکرکشی‌ها حقیقتاً آن‌ها را در ردیف درنده‌ترین و بیشعورترین وحشی‌های روی زمین قرار داده بود.»
«ریموند داجل» که خود در حوادث مذکور حضور داشته، ماجرای ویرانگری وحشیگری مسیحیان را این گونه نقل می‌نماید: «بازکردن راه برای عبور از میان اعضای قطعه قطعه شدۀ مسلمانان جداً سخت بود و خون‌های کشته‌شدگان تا سر زانو رسیده بود.»
یکی از فجایع هولناک صلیبیان در معرة النعمان رخ داد. مسیحیان تمام مسلمانانی را که به مساجد یا سرداب‌ها پناه برده بودند، قتل‌عام کردند. بیش از ۱۰۰٬۰۰۰ نفر به طرز بی‌رحمانه‌ای شکنجه یا نابود شدند.
«جان دیون پورت» در کتاب عذر تقصیر به پیشگاه محمد و قرآن می‌نویسد: «کیست که از تحریکات دستگاه مسیحیت شرمسار نشود؟ این تحریکات باعث شد تعصبات شدید و ستمگری‌های بی‌رحمانه، مسلمانان را هدف قرار دهد و مظالم بی‌شماری بر آنان روا شود؛ آن هم در حق مردمی که نسبت به اسپانیایی‌ها چنان انسانیت و حمایتی نشان داده بودند.»
این جنایت‌ها، نشانه‌ای آشکار از بی‌عدالتی و خصومت سازمان‌یافتهٔ کلیسا و اروپاییان نسبت به مسلمانان بود.
وی در بخش دیگر کتابش می‌نویسد: «قوای مهاجم هیچ ملتی در هیچ عصر و زمانی در هرزگی و شرارت و بی‌شرمی و شهوت‌رانی و فسق بیشتر از این دسته که به‌نام جنگ مقدس رفته بودند، نبوده است.»
«ویل دورانت» جنایات فجیع و موحش مسیحیانی را که برای نجات بیت المقدس آمده بودند چنین توصیف می‌کند: «به هرطرف انسان می‌رفت در میان اجساد مقتولین و لاشۀ اسبان بود. زنان را به ضرب دشنه می‌کشتند، ساق پای اطفال شیر‌خوار را گرفته و به جبر، آن‌ها را از پستان مادران‌شان جدا می‌ساختند و به بالای دیوارها پرتاب میکردند و یا با کوفتن آن‌ها بر ستون‌ها، گردن‌شان را می‌شکستند و در نتیجه هفتاد هزار نفر مسلمان را که در شهر مانده بودند به هلاکت رسانیدند.»
جنگهای صلیبی برای مسلمانان توأم با فاجعه و آسیب و خسارت بود؛ اما از طریق این جنگ‌ها اروپائیان به هویت خود پی بردند و جنبه‌های جذاب حیات اسلامی را تجربه کردند و سعی نمودند در موقع بازگشت به وطن از فرهنگ مسلمین تقلید و اقتباس کنند. جنگهای صلیبی به اکتشافات جغرافیائی اروپائیان کمک کرد و اروپائیان دریافتند که فراسوی دولت‌های اسلامی، دولت‌های دیگری هم وجود دارد.
در اندلس نیز اروپائیان در برخورد با مسلمانانی که به قول جان دیون پورت: «در طول ۸۰۰ سال حکومت خود بر اسپانیا حتی تاریخ‌نویسان مخالفش نتوانستند کوچک‌ترین نمونه‌ای از ظلم و ستم‌گری راجع به آن‌ها بنویسند.» جنایت‌های زیادی مرتکب شده‌اند، آنان (مسیحیان) به هنگام سلطۀ اسپانیا بخصوص از سال ١٦١٠م به دستور فیلیپ دوم، پادشاه وقت، مسلمانان را از اندلس بیرون راندند ولی در شرائطی این حرکت انجام یافت که ۷۵ درصد مسلمانان قبل از آن‌که از اسپانیا خارج شوند، کشته شدند.
«جرجی زیدان» می‌نویسد: «مسلمانان را میان مرگ و مسیحیت مخیر می‌ساختند و مسلمانان ناگزیر دین خود را تغییر داده و مسیحی می‌شدند؛ و آن‌ها که از این حکم نافرمانی میکردند، در آتش سوزانیده می‌شدند. متهمان به صورت دسته جمعی و یا خانوادگی در آتش می‌سوختند.»
این نویسنده به صحنۀ فاجعه‌انگیز دیگری نیز اشاره کرده است: «در محلی موسوم به کالی کوت تعدادی از کشتی‌های حامل آذوقۀ مسلمانان به‌دست مسیحیان ضبط می‌شود و سرنشینان کشتیها که جمعاً بالغ بر ۸۰۰ نفر بودند مورد هجوم واقع شده، مسیحیان همه را دست و گوش و بینی بریده و سپس آن موجودات مثله شده را بی‌رحمانه بار دیگر به کشتیها باز میگردانند و کشتیها را آتش می‌زنند تا اجساد نیمه‌جان مسلمانان در آتش سوخته و خاکستر گردد».
