تردیدی در این نیست که پس از انعشاب یافتن گروهها از یک دیگر تفاوتهای گاه مهم و گاهی ظاهری در میان این گروهها به میان میآید. ازاینرو، این تفاوت در میان دو کلیسای کاتولیک و ارتودوکس نیز بدیهی میباشد. تفاوتهای به میان آمده در میان این دو کلیسا متعدد است که در ادامه به تعدادی از این تفاوت اشاره میشود:
1. کلیسای شرقی (ارتدوکس) مخالف تفوق و برتری اسقف شهر روم بر همهی جوامع کلیسا است، درحالیکه برتری شخصی به نام اسقف بر تمام جامعهی کلیسای مسیح در کلیسای غربی (کاتولیک) امری پذیرفته شده است؛
2. درحالیکه در کلیسای غربی پاپ دارای معصومیت است و مرتکب خطا نمیشود، کلیسای شرقی این معصومیت را برای پاپ قایل نیست و آن را مانند سایر افراد بشر جایز خطا میداند؛
3. کلیسای کاتولیک، مریم مادر حضرت عیسی علیهالسلام را بدین جهت احترام قایلاند که مادری است عذرا، دارای احساسات و عواطف مادری نسبت به فرزند خود، اما در کلیسای ارتدوکس، مریم را مانند مادر خدای تعالی پرستش میکنند و او را موجودی مافوق انسانها میپندارند که در رحم او بشریت و الوهیت در پیکر جنین عیسی علیهالسلام تجسم یافته است؛
4. در کلیسای شرقی (ارتدوکس) فرایض دینی از سال (1274م) به هفت مورد خلاصه می شود: غسل تعمید، ادای شهادت، مسح با روغن مقدس، تناول، توبه، مسح بیماران و مراسم ازدواج، اما در کلیساهای غربی (کاتولیکها) متفاوت است: غسل تعمید، قربانی، توبه، اقرار به مقام روحانی رؤسای دین، تناول، ازدواج و مسح بیماران در حال مرگ؛
5. زبان رسمی کلیساهای ارتدوکس قبلا یونانی بود؛ اما بعد از آن که قسطنطنیه از سوی مسلمانان فتح شد، مرکزیت این کلیساها به مسکو انتقال یافت (1589 میلادی) – هرچند در حال حاضر هیچ مرکزیت معینی ندارد و در کشورهای مختلف شرقی مستقراند – و زبان مراسم دینی در آنجا زبان اسلاوی قدیم انتخاب گردید؛ اما زبان رسمی و مراسم دینی کاتولیکها زبان لاتینی باقی ماند؛
6. در کلیساهای ارتدوکس رؤسای دین که مقام آنها پایینتر از اسقف باشد، میتوانند ازدواج کنند؛ اما در کلیساهای غربی (کاتولیکها) کشیشها و روحانیون از میان افراد مجرد انتخاب میشوند و مجاز به ازدواج نیستند؛
7. منابع و مآخذ اصول دین و مسائل اعتقادی نیز در میان این دو کلیسا متفاوت است. در کلیسای ارتدوکس منابع کتاب و سنت است، درحالیکه اصول اعتقادی کاتولیکها، علاوه بر کتاب و سنت، تعالیم رسمی کلیسا را نیز در بر میگیرد؛
8. آیین عبادت ارتدوکس بسیار گسترده و سرشار از اشارات، لباسهای رسمی و سرودههای مذهبی است. ممنوعیت استفاده از سازهای موسیقی در کلیساهای ارتدوکس سبب شده یک سنت خوبی آواز همخوانی و سرود شود که از صدای انسان به عنوان ابزار پرستش استفاده میکند، درحالیکه در کلیسای غربی (کاتولیکها) چنین نیست و از ابزار موسیقی استفاده میشود(حسینی، 1390: 99 و 100).