در بخش تعلیم و تربیه و معارف، تلاش بی‌شماری کردند تا نسل اطفال، نوجوانان و جوانان را از معارف دینی و علوم عصری مفید دور بسازند، در این راستا موارد بی‌شماری را در مکاتب و سیستم درسی معارف اجرا کردند از قبیل:
1- به‌حاشیه‌راندن مضامین دینی و علوم اسلامی و تخصیص ساعت‌ها و حصه‌های اندک به آن‌ها؛
2- حذف مفاهیم دینی که در مورد فرضیت جهاد، مبارزه با استعمار و جنگ فکری، لزوم خلافت و حکومت اسلامی و… است از مضامین مکاتب؛
3- الزام نوع پوشش غربی در مکاتب و سخت‌گیری در مطابق‌نمودن سروصورت متعلمین به فرهنگ بیگانگان؛
4- داخل‌نمودن مضامینی که محرمات شرعی مانند موسیقی، سینماگری، بی‌حجابی و… را جزو هنر و فرهنگ معرفی می‌کنند؛
5- ایجاد اختلاط در بعضی از مکاتب و یک‌جانمودن متعلمین اناث و ذکور که صراحتاً مخالف آموزه‌های اسلام و فرهنگ ملی افغانستان است؛
6- تعیین معلمین از قشر اناث برای مکاتب بخش ذکور و نیز تعیین معلمین از بخش ذکور برای مکاتب دخترانه که این مورد نیز زمینه‌ساز مفاسد بی‌شماری گردیده بود؛
7- زمینه‌سازی برای فساد اداری و رشوت‌گیری بعضی از معلمین در ازای نمره و حاضری متعلمین و ضعیف‌شدن سطح تعلیمی با این کار؛
8- ضعف شدید سطح تعلیمی در معارف و ایجاد متعلمین خیالی و نیز کامیاب‌ساختن متعلمین ناکام، این مورد به‌هدف جلب کمک‌های مؤسسات کشورهای استعمارگر و ایجاد فضای دروغین تعلیمی صورت می‌گرفت؛
9- معرفی کشورهای غربی در کتب تاریخ به‌عنوان کشورهای متمدن و بافرهنگ و لزوم پیروی از آنان در همۀ امور؛
10- عدم تأمین متعلمین اناث و پیش‌آمدن وقایع بی‌شمار از مفاسد اخلاقی در مکاتب دخترانه و یا مسیر رفت و برگشت آنان.
در زمینۀ تحصلات عالی نیز موارد بی‌شماری از ضعف تحصیلی و ایجاد فضای فساد اداری، روابط نامشروع و… به چشم می‌خورد که موارد ذیل را می‌توان نام برد:
1- عدم کسب تخصص و تحصیلات عالی به علت وجود محصلین خیالی و فارغ‌کردن آنان؛
2- تمرکز بر ایجاد روابط میان محصلین ذکور و اناث و عدم توجه به کیفیت تحصیلی؛
3- گسترش پوهنتون‌های خصوصی بدون توجه به معیارهای علمی و نیازهای اساسی یک پوهنتون؛
4-تعیین نصاب تعلیمی ضعیف برای پوهنتون‌ها و عدم تمرکز بر تدریس قوی و معیاری و اتکا به چپترها و خلاصه‌نویسی؛
5- تعیین ساعت‌ها و کردت‌های بسیار ناچیز و اندک برای مضمون ثقافت اسلامی و به‌حاشیه‌راندن عملی آن؛
6- حذف کلی مفاهیم اسلامی که در مورد جهاد اسلامی، جنگ فکری، استعمارستیزی، خلافت و امارت اسلامی و… است؛
7- اختلاط قشر اناث و ذکور در صنوف درسی و ایجاد روابط نامشروع در این زمینه؛
8-گماشتن استادان منحرف و بعضاً بی‌دین و لاییک در پوهنتون‌ها و تلاش برای گسترش بی‌دینی در میان محصلین؛
9- فعالیت گروه‌های مختلف فکری و سیاسی در پوهنتون‌ها و گسترش افکار و آرای مختلف میان محصلین؛
10- افتتاح «پوهنتون آمریکایی» کابل و تلاش درجهت تربیۀ نسلی که با خواسته‌ها، اهداف، افکار و برنامه‌های آنان موافق باشند و در آینده بتوانند زمام امور مملکت را به آن بسپارند.
این پوهنتون زیرنظر مستقیم ایالات متحدۀ آمریکا اداره می‌شد و سرمایه‌های هنگفت و بالایی به آن اختصاص داده می‌شد و تلاش داشت تا در پوشش موضوع تحصیلات عالی، به جوانان و محصلین افکار منحرف و بی‌دینی را تعلیم دهند و درواقع، پایگاه مهمی برای تبلیغ و گسترش نصرانیت در افغانستان بوده‌اند.
