دیدگاه‌های هابرماس در عرصۀ روش‌شناسی و فلسفۀ علم نیز تداوم مواضع نظریه‌پردازان انتقادی مکتب فرانکفورت است. وی نیز همانند آنان به پوزیتیویزم و سیطرۀ راهکارهای روش‌شناسانۀ آن بر عرصه‌های علوم اجتماعی و انسانی حملات شدیدی کرده است. علاوه بر آن، به پندارهای پوپری عقلانیت نیز سخت حمله برده و آن را در کنار پوزیتیویزم منطقی و دادائیزم روش‌شناسانه و نحله‌های متعدد فلسفۀ علم، از توماس کوهن گرفته تا پل فیرابند و ایمره لاکاتوش، در زمرۀ آسیب‌های جدی به منطق علوم اجتماعی تلقی می‌کند.
از سوی دیگر، تلاش وی برای احیای مارکسیزم به‌منزلۀ ابزار فرهنگی، انتقادی، انتقاد از مبانی محافظه‌کارانۀ هرمنیوتیک گادامری و دفاع جانانه و مستدل از توانمندی‌های روشنگرانۀ تفکر مدرنیته در مقابل یورش‌های انتقادی فرانسوی ژاک دریدا و دیگر نظریه‌پردازان پست‌مدرن، از جمله موضوعاتی هستند که در طیف وسیع مطالعات هابرماس واجد جایگاه مهمی به شمار می‌روند.
یکی از ویژگی‌های بارز تفکر هابرماس طرح مستمر مضامین مختلفی است که در واقع عامل پیوند و انسجام موضع کلی وی به شمار می‌رود. از جمله می‌توان به مقاومت شدید در برابر تلاش‌ها و اقدامات علمی، سیاسی و فلسفی برای انحصاری‌کردن شناخت و حقیقت و تعهد و پایبندی پرشور و عمیق و ارتباطات آزاد و تحریف‌نشده به‌منزلۀ ابزاری برای نیل به حقیقت و شناخت و بالأخره به این عقیدۀ وی اشاره کرد که تنها راه برای تحقق جامعه‌ای به لحاظ فکری آزاد و از نظر سیاسی غیر سرکوب‌گر از طریق نقد هوشیارانه و تیزبینانه از امور غیرحقیقی و کاذب است.
یکی دیگر از مواردی که بیانگر تأثیرپذیری هابرماس از آموزه‌های مكتب فرانکفورت بوده و در عین حال، مؤيد تلاش وی برای تداوم و بازسازی نظریۀ انتقادی به شمار می‌رود، تدوین مبانی اولیۀ نظریۀ حقیقت رهایی‌بخش است که حاصل تتبعات و تأملات عمیق وی در آرا و آموزه‌های مکتب فرانکفورت است. البته در برخورد مکتب فرانکفورت و هابرماس به یکی از نظریه‌های اصلی مارکس، یعنی چارچوب غایت‌شناسی مارکس، تفاوت مشهودی به چشم می‌خورد. چارچوب غایت‌شناختی مارکس با این فرض انتزاعی آغاز می‌شود که آدمی‌زاد در مقام موجودی واجد نیروی بالقوۀ نهانی از توانمندی‌های خلاقانه‌ای برخوردار است که هنوز امکان بروز و تحقق پیدا نکرده است. مکتب فرانکفورت در روند بازنگری نظریه‌های مارکسیزم، این عقیده را کنار گذاشت که تنها فرایند کار تاریخی بیگانه‌ساز توانست حقیقت مذکور را تحقق ببخشد، لیکن هابرماس این تلقی مارکسیستی از حقیقت را وضعیتی تاریخی می‌داند که می‌باید تحقق پیدا کند؛ وضعیتی که در آن امر حقیقی بالقوه می‌تواند به صورت امر حقيقى بالفعل تحقق یابد. اهمیت این فرض یا تلقی نزد هابرماس از آنجا ناشی می‌شود که فرض مذکور شرایط آرمانی لازم را برای انتقاد از رخدادها به منزلۀ انحراف از هنجارهای مورد نظر و همین‌طور به منزلۀ مبنایی برای نقد ایدئولوژیک فراهم می‌کند که وظیفۀ آن آشکار ساختن عوامل اجتماعی و سیاسی‌ای است که حقیقت مورد انتظار را پنهان می‌سازد. از آنجایی‌که تحقق توان بالقوۀ خلاق فرد در گرو بسط و گسترش رهایی اجتماعی است، لذا نقد فرهنگی را نمی‌توان و نباید از نقد سیاسی جدا ساخت. بدین ترتیب، می‌توان گفت که آرمان و مفاهمۀ تحریف‌نشدۀ هابرماس، با توجه به شکل انتقادی و ظرفیت‌ها و توانمندی‌های رهایی‌بخشی آن، در حقیقت ثمرۀ این مضمون زیربنایی مارکسیستی است.
هابرماس در نقد ضد پوزیتیویستی خود بر «عقلگرایی انتقادی» پوپر و هانس آلبرت بر این نکته اصرار می‌ورزد که نباید اجازه داد تا مضمون مهم حقیقت رهایی‌بخش در اثر سیطره و رواج روش‌شناسی علمی محض که تمامی معانی و مفاهیم را مردود دانسته است؛ مگر آن‌هایی که به کمک تحلیل و تبیین علمی قابل شرح و تفسیر باشند، به حاشیه رانده شود. به اعتقاد هابرماس، برخلاف پندار شایع پوزیتیویزم، تصمیمات و ارزش‌ها «فاکت‌ها و هنجارها»ی مرتبط با حیات اخلاقی و سیاسی را نمی‌توان با محاسبات علمی سودگرایانه کنار زد یا آن‌ها را عقلانی ساخت و وانگهی در پژوهش‌های علوم اجتماعی و انسانی نمی‌توان فاکت‌ها و هنجارها را از هم جدا ساخت. جالب اینجاست که گادامر در این خصوص با هابرماس هم‌عقیده است، لیکن هابرماس در برابر اقتدار ایدئولوژیک استدلال علمی مبنی بر وضع قوانینی برای مسائل مربوط به ارزش‌های هنجارهای اجتماعی و سیاسی و استدلال پوپر و پوزیتیویست‌ها مقاومت به خرج داده و معتقد بود که نمی‌توان این قبیل ارزش‌ها و هنجارها را تابع قوانین و قواعد علمی ساخت، قواعدی که در نهایت در جهت منافع کنند؛ زیرا مبتنی بر ایدئولوژی یا ایدئولوژی‌های خاصی هستند یا قوانین معینی را بر آن‌ها حاکم ساخت. به همین نحو، در برابر استدلال گادامر و هر منیوتیک سنتی مبنی بر این‌که اقتدار سنت تاریخی و فرهنگی تنها رقیب نیرومند تفکر تکنولوژیک می‌باشد، از آن انتقاد می‌کند.
به اعتقاد هابرماس، مقاومت در برابر وجه تک‌ساحتی استدلال علمی با اتکا به اقتدار سنت تاریخی و فرهنگی، با توجه به تعصب آشکار و سرسختانۀ سنت موروثی، چیزی نخواهد بود جز جایگزین‌کردن یک حقیقت تحریف‌شده به‌جای حقیقت تحریف‌شدۀ دیگر.
هابرماس برای دوام و قوام ادعای خود و تأیید و اثبات آن به قیاس بین موضوعات مطرح‌شده از سوی سنت و موضوعات پیش‌روی روانکاوی می‌پردازد. در این‌باره با تأمل در روانکاوی و مسائل آن اظهار می‌دارد: همان‌گونه که رفتار روان نژندی مستلزم فرونشانی علل این نوع رفتار است، به همین قیاس، سنت نیز می‌تواند ناخواسته و ناآگاهانه از دیدن ارزش‌های غیرخودی عاجز باشد.
پایبندی هابرماس به حقیقت رهایی‌بخش تنها مبنای مخالفت و تنها وجه اختلاف هابرماس در مناقشۀ وی با گادامر نبود. وی در چالش با نظرات گادامر به مقابلۀ جدی و سرسختانه‌ای با الگوی درک محاوره‌ای همپرس‌های (dialogical) گادامر برخاست و واکنش متأملانه‌ای در برابر آن به عمل آورد و آن را با جنبه‌هایی از «نظریۀ اعمال کلامی» جان سیرل، فیلسوف زبان‌شناس انگلیسی در آمیخت. وی در مقالۀ مشهور خود تحت عنوان «داعیۀ جهان‌شمولی هرمنیوتیک» اظهار می‌دارد که حقیقت خود را به‌منزلۀ اجماع آرمانی‌شده‌ای می‌داند که در جریان ارتباطات نامحدود و غيراجباری تحقق یافته باشد. به اعتقاد هابرماس، آنچه موجب اعتبار و مشروعیت رویه‌های یک گفتمان به‌عنوان گفتمانی صادق می‌گردد، به لحاظ معرفت‌شناختی یا وجود‌شناختی، جدا از گفتمان مذکور نیست؛ بلکه به لحاظ تاریخی از دل آن سر بر می‌آورد. ازاین‌رو با مطرح‌شدن پرسش‌هایی در خصوص ادعاهای صدقِ سنت، دست‌اندرکاران و مشارکت‌کنندگان در آن سنت، نیازی نیست که منفعلانه تسلیم اقتدار پذیرفته‌شدۀ خود باقی بمانند، بلکه منطقاً از آنان خواسته می‌شود تا به شیوه‌ای انتقادی با آن‌ها برخورد کرده و با رویکردی انتقادی ادعاهای خود را بسط و توسعه دهند. هابرماس در کتاب شناخت و علایق انسانی (۱۹۶۸) نیز به نوعی به این بحث می‌پردازد. در آنجا وی استدلال می‌کند که کل شناخت از یک خاستگاه جامعه‌شناختی برخوردار است، حاکی از امکان وجود گفتمانی عقلانی که به دست‌اندرکاران و مشارکت‌کنندگان فرصت تجدیدنظر در هنجارهایی را می‌دهد که اجماع مؤثر و عملی آن را تضمین می‌کند. اگر گفتمان راجع به مفروضاتی که ضامن شناخت هستند، امکان‌پذیر باشد، در عین حال، پیش‌بینی مفروضاتی جامع‌تر (یعنی رهایی‌بخش) برای گفتمان مذکور نیز امکان‌پذیر است. مدعای اصلی هابرماس این است که خود مفهوم گفتمان عقلانی بیانگر پیش‌بینی امکاناتی به منظور فراهم ساختن مبانی مناسب‌تر و آزادتر برای آن است. این منطق گفتمانی درونی و ذاتی تمام گفتمان‌های عقلانی را به سمت موضعی آزادتر، بازتر و روشنگرانه‌تر سوق می‌دهد.
هابرماس در کتاب دوجلدی نظریۀ کنش ارتباطی (۱۹۸۴) به کشف و بازسازی ادراک‌های ماقبل نظری‌ای می‌پردازد که به اعمال کلامی مشروعیت می‌بخشند. وی اظهار می‌دارد که در جریان درک چیزی که گفته شد، فرآیند درک نه به این دلیل که طرفین گفت‌وگو تجربیات مشترکی دارند، بلکه به این دلیل رخ می‌دهد که یک طرف می‌تواند نکته‌ای را که طرف دیگر می‌گوید بگیرد و متوجه منظور وی شود، على‌رغم وجود هرگونه طرز فکر یا سلیقۀ شخصی معنادار در هر یک از طرفین. هابرماس بر همین مبنا به تدوین تز (وضعیت کلامی مطلوب) خود می‌پردازد؛ زیرا به اعتقاد وی، اگر گفتمان ماهیتاً قادر به تولید معانی بین‌الاذهانی‌ای است که می‌توانند موجب استعلای یک طرف صحبت (interlocutor) خاص گردد، در آن صورت، با استفاده از استدلال متقن، امکان نیل به توانمندی بالقوۀ رهایی‌بخش در معانی مذکور و بسط و گسترش آن‌ها فراتر از گفتمان آغازین وجود دارد. از سوی دیگر، به اعتقاد هابرماس، در عرصۀ گستردۀ جامعۀ زبانی، در حقیقت هر کسی‌که به زبانی تکلم می‌کند، هم وابسته به نوعی جامعۀ همگانی است و هم خواستار بسط و گسترش آن جامعه است؛ جامعه‌ای که در واقع بر اساس صراحت، صداقت و اجماع آزاد و ارتباطی بنا شده است. به اعتقاد اکثر تحلیلگرانی که به بررسی این مفروضات پرداخته‌اند، این استدلال هابرماس که چنین اجماعی نه به زور بر ما تحمیل می‌گردد و نه ناشی از تصادف است، بلکه از دل کاربست‌های زبانی روزمرۀ عملی ما سر بر می‌آورد -یعنی چیزی است که ما عملاً خود را وارد آن می‌سازیم- عمیق‌ترین و بنیادی‌ترین وجه سهم هابرماس در فلسفۀ اروپایی به شمار می‌رود.
دیدگاه‌های آرمانگرایانۀ هابرماس مناقشات چالش‌برانگیزی را از سوی جریان‌های مختلف فکری و فلسفی در سال‌های اخیر، به ویژه از جانب پساساختارگرایان طرفدار «شالودۀ شکنی» و پست‌مدرنیست‌ها، در پی داشته است. محور اصلی انتقاد این جریان‌ها از دیدگاه‌های هابرماس آن است که هم وضعیت کلامی مطلوب و اعمال کلامی مطلوب وی و هم حمایت وی از نیل به یک حقیقت تاریخی صرفاً محمل‌های ساختگی و موهومی برای ترویج تعهدات سیاسی ویژۀ وی هستند. به زعم جریان‌های مذکور، استدلال‌ها و تزهای هابرماس نه تنها موجب بسط و اشاعۀ افسانۀ موهوم حقیقت غایی گفتمان، یعنی تحقق یک جامعۀ ارتباطی حقیقتاً آزاد می‌گردند، بلکه مؤید تلاشی اقتدارآمیز و اقتدارگرایانه برای به بن‌بست انداختن مسیر تاریخی به شمار می‌روند. لیکن هابرماس در اثر عظیم و ماندگار خود، یعنی گفتمان فلسفی مدرنیته (۱۹۸۷)، به پاسخ این ایرادها و انتقادات برخاسته و صراحتاً و با قاطعیت تمام اظهار می‌دارد که امور آرمانی واجد و مبنای تجربی نظیر وضعیت کلامی تحریف‌نشده را به‌هیچ‌وجه نمی‌توان با توسل به تقلیل‌گرایی تبارشناختی (genealogical reductivism) ابطال نمود. ادعای صدق (حقیقت) درست مانند ادعای معنا همواره فراتر از یا دور از دسترس شرایط تجربیاتی قرار دارد که بدواً خود آن ادعا را به اعتقاد هابرماس، صرف بی‌اساسی خواندن جهان‌شمولی یک حقیقت سیاسی و بی‌اعتبارکردن از طریق افشای منافع جزیی‌نگر گروه‌های خاص (particularist) که ممکن است تظاهر به حمایت از آن نمایند، به‌هیچ‌وجه موجب تضعیف توان بالقوۀ انتقادی نهفته در حقیقت مورد نظر نمی‌گردد و وانگهی اگر دربارۀ موضوعی اختلاف‌نظر وجود داشته باشد، در آن صورت، حداقل در این‌باره که موضوع مذکور راجع به چه چیزی است، توافق وجود دارد. در چنین حالتی، این احتمال منطقی وجود دارد که به گونه‌ای عقلانی بتوانیم در خصوص چگونگی بر طرف ساختن اختلاف‌نظرها به اجماع دست پیدا کنیم.
از این جهت، مفهوم نقد رهایی‌بخش شاید یکی از آخرین سنگرهای دفاعی در برابر تهدیدات خشن و مرگباری باشد که همواره در تحجر دینی و سیاسی به چشم می‌خورد. دفاع هابرماس از مدرنیته واجد معنای سیاسی مهمی است. پساساختارگرایان پست‌مدرنیست‌ها و شالوده‌شکنان ممکن است بتوانند به افشای اراده‌های معطوف به قدرتی بپردازند که حامی و مؤید برداشت‌ها و نگرش‌های مترقیانه از مدرنیزم فلسفی و فرهنگی هستند. لیکن سؤال این جاست که آیا متوجه هستیم که سوق‌دادن تمام و کمال برنامه‌های آرمانگرایانۀ مدرنیزم به دامن این نوع بدبینی چه پیامدهای مخربی در پی خواهد داشت؟ منتقدان پساساختارگرا و پست‌مدرن ممکن است از افشای به اصطلاح اقتدارگرایی نخبه‌گرایانۀ مدرنیزم بسیار خرسند و مسرور باشند، ولی آیا این امر همان تحقق رویای همیشگی نظام‌های سیاسی استبدادی و ستمگر نیست که همواره کوشیده‌اند تا توده‌های تحت انقیاد خود را مجاب سازند که هیچ واقعیتی جز آنچه بر آنان حاکم است، وجود خارجی ندارد؟ اگر هرگونه داعیۀ معنا‌شناختی یا حقیقتی که در صدد استعلای افق‌های خاستگاه اجتماعی و سیاسی خود است، نفی گردد و مردود دانسته شود، در آن صورت، داعیۀ امر آرمانی که بدون تردید لازمۀ اصلی هرگونه اشتیاق به بازتدوین مواضع به شیوه‌های جامع‌تر و فراگیرتر است، رو به تحلیل خواهد رفت. در پی این روند، تضعیف همان چیزی سر بر خواهد آورد که هابرماس همواره از آن بیم داشته و نسبت به آن هشدار داده است، بدون آگاهی از تفاهم و حساسیت متقابل و احساس مسئولیت در قبال داعیه‌های گسترده‌تر نقد عقلانی که می‌تواند به ما یادآوری کند که چگونه یک وضعیت یا استدلال را به گونه‌ای متفاوت با نمونه‌های پیشین یا فعلی آن‌ها ساختاردهی نماییم. آگاهی بشریت در محدودۀ افق موجود اسیر خواهد گشت و آزادی آن برای اندیشیدن و عمل کردن در گستره‌ای فراتر از افق مذکور به نحو جبران‌ناپذیری آسیب خواهد دید.
