سرانجام، ملت هند نارضایتی عمومی خود را از استعمارگران اعلام کرده و در سال ۱۲۷۴ ق./۱۸۵۷ م. انقلابی خونین بر پا کردند. امیران، علما و مردم مسلمان و برخی از هندوهایی که از سلطۀ انگلیس زخم خورده بودند، به منظور نجات از وضعیت حاکم، علیه انگلیسی‌ها شوریدند. نقطۀ اصلی این انقلاب، نظامیان بومی هند بودند. آنها عده‌ای از فرماندهان انگلیسی را کشتند و از اطراف کشور به‌سوی دهلی حرکت کردند. مسلمانان که به آتش این نارضایتی دامن زده بودند، خود را در رأس جنبش قرار دادند؛ زیرا آنان سنگ‌بنای قدرت سیاسی را در این تظلم‌خواهی‌ها می‌دیدند. از اولین واحدهای فراخوانده به شورش، سواره‌نظام بومی لشکر سوم مسلمان بودند؛ آنان از میرت تا دهلی تاختند تا بهادرشاه را به سرکردگی انقلابیون بگمارند. غروب یازدهم می ۱۸۵۷ م. یک روز بعد از شورش میرت، با شلیک ۲۱ گلوله توپ اعلام شد. بهادرشاه، که اکثر مردم هند اعم از هندو و مسلمان او را حکمران هند می‌شناختند، رِدای اجدادش یعنی اکبرشاه، شاه‌جهان و اورنگ‌زیب را قبول کرده و به جایگاه و مقام خود بازگشت. در دهلی تقریباً چنین به نظر می‌رسید که روزگار عظمت مغولان دوباره بازگشته است. با اعلانی که به نام امپراطور مغول صادر شد، از تمام کسانی‌که آرزو داشتند دین خود را نجات دهند، خواسته شد تا با پیوستن به سپاهیان، دین خود را یاری کنند و هیچ کافر انگلیسی را زنده نگذارند. علمای مسلمان در این انقلاب در بسیاری از موارد، رهبری انقلابیون را در مناطق مختلف به دست گرفتند. مولوی احمدالله رحمه‌الله رهبر مردمی رزمندگانی بود که نیروهای سر کولین کمپ‌بل را که در تابستان سال ۱۸۵۸ م. برای فتح اوده می‌جنگیدند، شکست داد.[1]
یکی دیگر از علمای مسلمان که فرماندهی بخشی از نیروهای انقلابی را به عهده داشت، مولانا رحمت الله کرانوی رحمه‌الله بود. او که شخصی فاضل و ارجمند بود و در نقد مسیحیت تألیفاتی داشت، در اطراف کرانه با ارتش سفیدپوستان انگلیسی مبارزه می‌کرد. مجاهدین تحت فرمان وی بعد از نماز عصر برای تمرین در صحن مسجد جامع کرانه گردهم می‌آمدند، طبل نواخته می‌شد و عموم مردم جمع می‌شدند و اعلام می‌شد: مُلک از آن خدا و حکم از مولوی رحمت الله. حتی او از کرانه به دهلی آمد تا از اخبار جهاد آگاه شود و کنار قلعۀ سرخ و در مسجد مولوی محمد حیات اقامت گزید. در تهانه‌بون در جنوب‌شرق دهلی، علما و مشایخ مشهوری همچون حاج امدادالله تهانوی رحمه‌الله، مولانا رشیداحمد گنگوهی رحمه‌الله، مولانا لیاقت‌علی رحمه‌الله، حافظ محمّدضامن شهید رحمه‌الله و مولوی عبدالحکیم رحمه‌الله، همراه با یک فرمانده نظامی مسلمان به نام ژنرال بخت‌خان، در این انقلاب شرکت داشتند و دیگر علما نیز در آن سهیم بودند.[2]
در تهانه‌بون مجلس مشورتی تشکیل شد و حاج امدادالله به‌عنوان امیرالمؤمنین تعیین شد. حافظ ضامن به سمت امیرجهاد، مولانا محمد قاسم به‌عنوان فرمانده نیروها، مولانا محمدمنیر نانوتوی و مولانا رشید احمد گنگوهی به سمت مشاور آنان، برگزیده شدند.[3]
انقلاب سال ۱۸۵۷ م. از معروف‌ترین شورش‌های مردمی قرن نوزدهم بود. در آغاز، برتری با هندی‌ها بود و انگلیسی‌های ساکن هند وضع دشواری پیدا کرده بودند. ولی با پایان فصل گرما و امکان اعزام سپاهیان تازه‌نفس انگلیسی و نیز خاتمه یافتن جنگ ایران و انگلیس، دولت انگلیس این مجال را پیدا کرد تا سربازان تازه‌نفس به هندوستان بفرستد. با رسیدن نیروهای کمکی، وضع دگرگون شد و نظامیان هندی تاب مقاومت نیاوردند و دهلی به دست انگلیسی‌ها سقوط کرد. با سقوط دهلی، انقلاب درهم شکست.
پس از سقوط دهلی در سپتامبر ۱۸۵۷ م.، مسلمانان به انتقام مصیبت‌بار و مهلک استعمارگران گرفتار آمدند و قتل‌عام شدند. قتل‌عامی که غالب، شاعر معروف اردو، از آن با عنوان “اقیانوس خون” تعبیر کرده و گفته است: “در اینجا اقیانوس پهناوری از خون پیش‌روی من است، تنها خدا می‌داند که بیش از این چه‌ها خواهیم دید.” خواص و عوام مسلمانان از کشتار توسط انگلیسی‌ها در امان نماندند. در آن روزهای هولناک، بیست و سه هزار مسلمان اعدام شدند و قتل‌عام به مدت هفت روز ادامه داشت.[4]
آنها بهادرشاه را محاکمه و به رانگون تبعید کردند و ستوان هودسون انگلیسی، بی‌درنگ سه تن از امیران مغول را کشت و بعد از آن بیست و چهار نفر از شاهزادگان نیز محاکمه و اعدام شدند. ظهیر دهلوی (۱۸۳۵-۱۹۱۱) در کتاب خود به نام داستان غدر چنین نوشته است: سربازان انگلیسی هر کس را که در راه آنها بر می‌خوردند به گلوله می‌بستند. میان محمدامین پنجه‌کش که نویسنده‌ای عالیقدر بود و مولوی امام‌بخش بسمه‌ای با دو پسرش توقیف شدند. آنان را به دروازه راج گهت بردند و با گلوله کشتند و اجساد آنان را به رود جمنا انداختند. علمای مجاهد نیز دچار سرنوشت مبارزان دیگر شدند، ویلیام تیلور انگلیسی در ۲۰ ژونن ١٨٥٨م. مولوی‌های برجستۀ اصلاح‌طلب، شاه محمد حسین، احمدالله و واعظ الحق را به ادعای توطئه‌چینی برای قیام در پتنه متوقف کرد. و گروهی از علما و مسلمانان سرشناس در پتنه و لاهور در سال ۱۲۸۱ق ١٨٦٤م. محاکمه شدند.[5]
از بین محاکمه‌شدگان، مولانا یحیی علی، محمد جعفر تهانسیری و محمد شفیع لاهوری محکوم به اعدام شده بودند. آنان با اظهار شادمانی، عکس‌العمل غیرمنتظره‌ای نسبت به حکم اعدام‌شان نشان دادند. قاضی دادگاه به آنها گفت: «شما را آویزان بر چوبه‌دار ببینم، خوشحال خواهم شد.» انگلیسی‌ها با زنان خود به زندان می‌آمدند تا از دیدن علمای محکوم به اعدام اظهار مسرت کنند، ولی می‌دیدند که محکومین به اعدام خوشحال‌اند و اعدام را شهادت فی‌سبیل‌الله می‌دانند. این امر بر انگلیسی‌ها گران آمد. یکی از قضات انگلیسی گفت: «دوست ندارد آنان شادی کنند و به آرزوی‌شان برسند و با شهادت که آن را کرامتی بزرگ می‌پندارند، مورد تکریم قرار گیرند.» به این خاطر حکم را تغییر داده و آنها را به جزایر اندمان تبعید کردند. این‌گونه بود که مولوی یحیی عظیم‌آبادی، برادرش مولوی احمدالله عظیم‌آبادی، مولوی عبدالرحیم صادقپوری و محمد جعفر تهانسیری در سال ۱۸۶۵ م. به جزیره اندمان تبعید شدند. علاوه بر آنان، برخی دیگر از علما از جمله علامه فضل‌حق خیرآبادی، مفتی احمد کاکوروی و مفتی مظهرکریم دریابادی نیز به اندمان تبعید شدند.
انگلیسی‌ها در تلاش بودند تا علمای مبارز دیگر را بازداشت کنند. به این منظور برای دستگیری حاج امدادالله تهانوی، مولانا محمد قاسم نانوتوی و مولانا رشید احمد گنگوهی جایزه تعیین کردند. در نتیجه، حاج امدادالله وطن خویش را وداع گفت و راه حرمین را در پیش گرفت. زمام امور هندوستان از کمپانی هند شرقی، در دوم آگوست ۱۸۵۸ م. به دولت انگلستان منتقل شد و ملکه انگلیس، هند را بخشی از امپراطوری بریتانیا اعلام کرد. سه ماه بعد یعنی یکم اکتبر ۱۸۵۸ م. لرد کینگ، فرمان عفو عمومی ملکه را در الله‌آباد قرائت کرد. ابتدا مردم تصور می‌کردند که این یک عفو عمومی است، در صورتی‌که عفو عمومی نبود و استثناهای ذیل در آن گنجانده شده بود:
۱. کسانی‌که شخصاً در قتل اتباع انگلیسی دست داشته، یا عمداً به قاتلان پناه داده‌اند؛
۲. کسانی‌که از زمره سران آشوبگر بوده‌اند؛
۳. کسانی‌که مردم را به شورش و آشوب تحریک کرده‌اند، مشمول این عفو نمی‌شدند.
بنابراین، مولانا محمد قاسم نانوتوی، حاج امدادالله و علامه رشید احمد گنگوهی مشمول این عفو نبودند، زیرا آنان از سران حرکت جهاد بودند و افراد زیادی از نیروهای انگلیسی به دست آنان کشته شده بودند. مولانا رشید احمد گنگوهی تا شش ماه در زندان مظفرنگر تحت بازجویی قرار گرفت. پس از پایان بازجویی، حکم دادگاه قرائت شد و علامه گنگوهی تبرئه و آزاد شد. ولی مولانا نانوتوی تا سال ۱۸۶۰ م. تحت تعقیب بود، ولی هرگز موفق به دستگیری وی نشدند. بدین ترتیب، مولانا محمد قاسم نانوتوی از علمای نجات‌یافته از فرجام غمناک انقلاب ۱۸۵۷ م. تصمیم گرفت تا روش مبارزه با استعمار را تغییر دهد که این تصمیم به بنیان نهادن مدرسه دارالعلوم در روستای دیوبند انجامید.
