محمّد بن حنفيه و مختار ثقفی در عهد عبدالله بن زبير
همان‌گونه که گذشت، محمد بن حنفیه (رضی‌الله‌عنه) در سال ۶۵ هجری قمری به علت امتناع از بیعت دچار حبس خانگی شد. علت اساسی این کار، نگرانی عبدالله بن زبیر (رضی‌الله‌عنه) از سوء استفاده‌ی مختار بن ابی عبید ثقفی از وجود محمد بن حنفیه برای تقویت حرکتش در کوفه بود.
مختار ثقفی از سرسخت‌ترین مدافعان عبدالله بن زبیر در ایام محاصره‌اش در مکه، در سال ۶۴ هجری قمری بود؛ اما پس از آن چون آرزوهایش را در کنار عبدالله بن زبیر (رضی‌الله‌عنه) محقق ندید، شش ماه پس از محاصره‌ی اول، مکه را ترک کرد و در رمضان سال ۶۴ هجری قمری به عراق رسید.
مختار، در کنار شجاعت و جرأتی که داشت، در حیله و مکر نیز ید طولایی داشت و علاقه‌ی وافری به زعامت و رهبری داشت. او توانست کوفه را به تصرف خود درآورد و با شعار یاری اهل بیت و انتقام خون حسین، طرفداران بسیاری را دور خود جمع کند که اکثراً از مخالفان بنی امیه بودند.
مختار ثقفی برای سوء استفاده از موقعیت محمد بن حنفیه (رضی‌الله‌عنه) و جلب طرفداری اهل عراق، خود را فرستاده‌ی ایشان و خون‌خواه حسین بن علی (رضی‌الله‌عنه) معرفی کرد.
او باورهای خرافی بسیاری داشت؛ معتقد به «بداء» برای خداوند متعال بود و همچنین نزد خود صندلی‌ای پوشیده با ابریشم داشت و در جنگ‌ها آن را با خود می‌برد و می‌گفت: «این از ذخیره‌های امیرالمؤمنین علی بن ابی طالب است و نزد ما به منزله‌ی تابوت بنی‌اسرائیل است و در آن سکینه و بقیه است و ملائکه بر جنگجویان ما فرود می‌آیند.» او ادعا می‌کرد که به او وحی می‌شود.
محمد بن حنفیه (رضی‌الله‌عنه) بعد از اینکه از اعتقادات و ادعاهای مختار باخبر شد، از وی اظهار برائت کرد و به یارانش گفت که او مردم را فریب داده است تا به اهدافش برسد. محمد بن حنفیه بر دروازه‌ی کعبه ایستاد و درباره‌ی مختار گفت: «إنّه کان کذّاباً یکذب علی الله و رسوله»؛ «او کذابی بود که بر خدا و رسول دروغ می‌بست.»
مختار مردم کوفه را به هواداری از محمد بن حنفیه (رضی‌الله‌عنه) دعوت کرد و عبدالله بن زبیر (رضی‌الله‌عنه) بیم داشت که مبادا جبهه‌ی جدیدی علیه او شکل بگیرد.
لشکرکشی مختار ثقفی به مکه و نجات‌دادن محمد ابن حنفیه
در سال ۶۶ هجری قمری، مختار ثقفی در موسم حج سپاهی را به‌سوی مکه فرستاد و توانست محمد بن حنفیه را از حبس خانگی رها کند. گفته شده است که در این موسم، پرچم اهل عراق که به نام ابن حنفیه برافراشته شده بود، با پرچم ابن زبیر متفاوت بود و به‌نوعی اعلام مخالفت علیه ابن زبیر محسوب می‌شد که این امر خطری برای وی به‌شمار می‌رفت.
عبدالله بن زبیر، برادرش مصعب بن زبیر و داماد حسین (رضی‌الله‌عنه) (همسر سکینه بنت حسین) را برای درهم شکستن قدرت مختار به‌سوی عراق فرستاد و او توانست در ۱۴ رمضان سال ۶۷ هجری قمری کار مختار را پایان دهد و او را به همراه تمام ادعاهایش از بین ببرد.
پس از کشته شدن مختار، عبدالله بن زبیر دوباره از محمد بن حنفیه دعوت به بیعت کرد؛ اما او نپذیرفت و از مکه خارج شد. در همین زمان، نامه‌ای از سوی عبدالملک بن مروان به دست او رسید که از او برای رفتن به شام دعوت می‌کرد؛ با این حال، او در میانه‌ی راه احساس کرد که توطئه‌ای در کار است و لذا از ادامه‌ی مسیر منصرف شد و در منطقه‌ای به نام ایله در ساحل دریای سرخ اقامت گزید.
در همین حال، نامه‌ی دیگری از سوی عبدالملک به همراه هدایای زیادی به دست او رسید که حاوی این پیام بود که یا باید بیعت کند و یا اینکه سرزمین شام را ترک کند. محمد بن حنفیه آن منطقه را ترک کرد و به‌سوی مکه به حرکت درآمد؛ اما با ممانعت عبدالله بن زبیر مواجه شد و بنابراین با همراهانش در طائف و به روایتی در مدینه اقامت گزید، تا اینکه در سال ۷۳ هجری قمری، عبدالله بن زبیر به شهادت رسید.
