کلیسا در بسیاری از نظرات خود در مقابل و متضاد با علم و تحقیقات علمی قرار گرفته بود و پس از مدتی، خطا و اشتباه کلیسا هویدا شده بود.
کلیسا معتقد بود که زمین مسطح و مرکز هستی است اما «کوپرنیک» گفته بود که زمین کروی بوده و به دور خورشید می‌چرخد، بعدا مشخص شد که کلیسا دروغ گفته است و کوپرنیک راست گفته است.
کلیسا گفته است که جهان هستی در طی شش روز عادی 4004 سال قبل از میلاد خلق شده است اما «لیل» و «داروین» می‌گویند که عمر جهان صدها میلیون سال است و عمر خلقت انسان میلیون‌ها سال است و سپس ثابت شد که آن دو بر حق هستند و کلیسا بر باطل است.
هم‌چنین کلیسا معتقد است که 1+1+1=1 است درحالی که بدیهیات و مبادی ابتدایی ریاضی این مورد را مساوی با 3 می‌داند.
هم‌چنین کلیسا به تبعیت از ارسطو گفته است که جهان هستی فقط از چهار عنصر تشکیل شده است، درحالی‌که مقدمات علمی و اکتشافات آن گفته‌اند که این عناصر بسیار زیاد هستند و امروزه این عناصر به بیش از 104 عنصر رسیده‌اند، گرچه مشهور شده است که عناصر اصلی خلقت چهار تا هستند.
کلیسا می‌گوید تورات و انجیل و دیگر رساله‌ها کتب وحی‌شده از جانب الله تعالی هستند، اما منتقدین تاریخ‌شناس می‌گویند که این کتب حاصل ساخت مولفین آن‌ها است، سپس مشخص شد که منتقدین درست گفته‌اند.
هم‌چنین کلیسا گفته است که نان و شراب در «عشای ربانی» تبدیل به خون و جسم حقیقی عیسی مسیح علیه‌السلام می‌گردد؛ اما عقل و علم و بدیهیات می‌گویند که این کار محال و بعید است.
کلیسا گفته است که رهبانیت وسیلۀ پاکی و فضیلت بلند است اما علوم انسانی و اجتماعی معتقد است که این کار با طبیعت انسانی متضاد است و سبب هلاکت نوع بشر می‌شود.
کلیسا معتقد است که بیماری‌ها از جانب شیاطین هستند که تداوی آن‌ها با برپایی قداس و مسح صلیب ممکن است، اما طب و پزشکی می‌گوید که سبب بیماری، موجودات بسیار ریزی هستند که ازالۀ آن‌ها با عملیه‌های شیمیایی ممکن است.
این‌ها نمونه‌هایی از موارد متعددی از تضاد آشکار کلیسا و آموزه‌های دین رایج در جوامع غربی بود که به‌صورت واضح با مبادی و مقدمات علم مخالف بود و دین را نزد غربی‌ها بی‌ارزش جلوه داد و علم را مخالف و متضاد آن قرار داد.
ازاین مبحث مشخص گردید که عامل اساسی در سکولار شدن علم در جوامع غربی تضاد واضح کلیسا با علم و دانش بود.
با گذشت زمان، سکولار شدن علوم همگانی و وسیع شد و همۀ زوایای علوم تجربی مانند کیمیا، فیزیک، بیولوژی، فلکیات، دریاشناسی، طب و… را شامل گردید و سپس امتداد پیدا کرد و علوم اجتماعی، اقتصادی، سیاسی، انسان‌شناسی و… را زیر مجموعۀ خود قرار داد. در نتیجه، علوم یگانه مصدر و منبع مورد قبول نزد همه قرار گرفت که در همۀ زمینه‌های تجربی، منطق، عقلانیت و… وسیلۀ رسیدن به حقیقت قرار گرفت.
اتکا و تکیۀ علوم را نیز بر طبیعت و دین طبیعت‌گرایی می‌دانستند و برای الله تعالی و وحی و آموزه‌های دینی در این زمینه نقش و تاثیری را قایل نبودند.
این تضاد بین علم و خرافات کلیسا، آثار بدی بر جوامع امروزی گذاشته است و همگان گمان می‌کنند که علم و آموزه‌های راستین و حقیقی دینی مخالف و متضاد با علم و اکتشافات علمی است. به همین دلیل، مناهج و شیوه‌های تعلیمی و هم‌چنین پژوهش‌ها و تحقیقات به‌صورت کلی از نشانه‌ها و آراء علوم دینی خالی گردیدند و سکولار محض شدند و برای نسل جوان و قشر تحصیل‌کرده چنین دو راهی تعریف شده است که یا دین را همراه با جمود و عقب‌گرایی قبول کنند و یا الحادی را که همراه با روشن‌فکری، آزادی اندیشه و نظر است را انتخاب کنند. متاسفانه اکثریت بلامنازع غرب الحاد را بخاطر فرار از برچسپ واپس‌گرابودن انتخاب کرده‌‌‌‌‌‌اند.
جود می‌گوید: من شاید بیشتر از شش نفر را نتوانم که به عنوان مومن به مسیحیت بشمارم درحالی‌که به آسانی می‌توانم بیشتر از صد نفر را از ملحدین بشمارم. خیلی دشوار شده است که فرد با فرهنگی را متدین بیابید. اکثر افرادی که به کلیسا می‌روند افراد سال‌خورده‌ای هستند که با فرهنگ و تمدن نیز ارتباطی ندارند و با وجود این، از یک‌دهم مردم بریتانیا نیز بیشتر نیستند.
از دیگر نتایج و آثار سوء جدایی بین علم و دین به موارد ذیل می‌توان اشاره کرد:
1- اضراب و پریشانی اعتقادی و فکری در مورد ذات الهی از موضوع وجود باری تعالی گرفته تا بحث در مورد صفات و توانایی‌های او تعالی؛
2- عدم شناخت هدف خلقت موجودات و فراموشی غایت خلقت و آفرینش؛
3- انکار آزادی ارادی انسان؛
4- عدم شناخت علت خلقت هستی و کائنات و قضاوت کورکورانه در این مورد؛
5- استفادۀ سوء از علوم و اکتشافات علمی در زمینۀ تخریب بلاد و ممالک و نسل‌کشی انسان‌ها و موجودات؛
و بسیاری از آثار و پیامدهای بد دیگری که به‌دنبال سکولار و بی‌دین‌شدن علم و اکتشافات علمی به‌وجود آمده است.
