یکی دیگر از مهم‌ترین علل و ابزار گسترش سکولاریسم در میان جوامع غربی، نبرد بی‌سابقه و خطرناک کلیسا و مراکز دینی اروپا با نظریات علمی و جهش‌های دانش‌بنیان این جوامع بود. گرچه این نبرد تاکنون نیز ادامه داشته است و با وجود تمام موفقیت‌هایی که علم و دانش در مقابل کلیسا به‌دست آورده است، اما هنوز هم چنین نبردی در میان کلیسا و مراکز علم‌پرور و دانش‌بنیان وجود دارد.
علت گسترش و دوام این نبرد و رمز و راز آن در واقع این است که هیچ یک از دو طرف به‌دنبال کوتاه‌آمدن از بعضی از نظریات باطل خود و گردن‌نهادن به واقعیت و حقیقت موجود نبودند. آن‌چه کلیسا بر روشن‌فکران و دانشمندان غربی اتهام وارد کرده است و آن‌ها را متهم به ارتداد و بی‌دینی و الحاد کرده بود، در واقع خرافات و اوهامی بود که هیچ ارتباطی با دین و آموزه‌های آن نداشته و کلیسا آن‌ها را درجهت فراهم‌ساختن خواسته‌ها و اهداف خود و به‌دست‌آوردن متاع دنیوی واجب الإتباع قرار داده بودند و مواردی که دین از خود ثبات و پایداری نشان داده بود، در حقیقت مواضعی بود که حق و حقانیت برگرفته از وحی بودند و در مقابل هواها و خواهشات نفسانی و تخمین‌های بشری پیروز شده بود.
آیا «علم» با «دین» به‌نبرد پرداخت؟
حقیقت آن است که علم و دانش با دین واقعی و حقیقی که از جانب خداوند متعال نازل شده بود و دارای صبغۀ پاک الهی بود، به نبرد نپرداخت بلکه واقعیت آن است که علم و دانش با نظریات و تفکرات شخصی و برداشت‌های فردی کلیسا به نبرد پرداخت و آن‌ها را به چالش کشید. در حقیقت مردان دین اروپایی جنایات بی‌شماری علیه حقیقت انجام دادند و زمینه را برای نبرد این دو مرکز آماده و فراهم کردند.
کلیسا دو اشتباه فاحش انجام داد که سبب ایجاد زمینۀ نبرد بین نظریات علمی و دانشی و نظریات دینی و رجال دین شد. یکی از این اشتباهات این بود که حقایق وحی الهی را تحریف کردند و آن را با کلام بشر مخلوط و آمیخته کردند، این موضوع باعث شده بود که آموزه‌های اسلامی از نظریات بشری مورد تفکیک و تمییز قرار نگیرد و چه‌بسا هر قاعدۀ علمی که با نظریۀ بشری مخالفت می‌کرد، به‌عنوان مخالفت با وحی الهی و کلام الله قلمداد می‌شد و فرد مخالفت‌کننده متهم به الحاد و کفر می‌شد.
این اشتباه و خطای فاحش نیز در نتیجۀ نفوذ خرافات بت‌پرستی و معلومات بشری به بسیاری از تعالیم و آموزه‌های مسیحیت بود که کلیسا آن‌ها را به‌عنوان عقاید الهی قلمداد کرده بود و آن‌ها را در متن و اصل دین وارد کرده بود و کفر به آن‌ها را کفر به وحی و دین جلوه داده بود.
اشتباه دومی که کلیسا مرتکب شد، تعیین سرپرستی طغیان‌گر برای خود علیه پیروان و رعیت بود. درحالی‌که این کار هرگز در حوزۀ اختیارات و مختصات آن نبود، این اشتباه نیز از تنگ‌نظری کلیسا نسبت به افرادی که با آموزه‌های ترکیبی آن مخالفت می‌کنند و اصرار آن بر پایبندی و چنگ‌زدن به آن، به‌وجود آمد.
نتیجۀ این اشتباه نیز برپایی محاکم تفتیش عقاید برای بررسی افکار، نظرات و حتی بر نتایج افکار رعیت بود. کلیسا گمان کرده بود می‌تواند حقیقت علمی را نیز احتکار و قبضه کند و عقل سلیم و تجربۀ محسوس انسان‌ها را در گرو خود داشته باشد؛ لذا اولین اقدامی که انجام داد، احتکار علمی و تسلط بر همۀ افکار بشری بود.
«کرن برنتن» می‌گوید: «بیشتر صاحبان وظایف علمی حتی در اوج قرون وسطی به نوعی از انواع نظام‌های دینی مرتبط بودند و جزئی از کلیسا به حساب می‌آمدند؛ چرا که آن زمان کلیسا در هر بخشی از بخش‌های فعالیت‌های بشری به‌ویژه فعالیت‌های علوم عقلی به میزانی دخالت می‌کرد که امروزه نمی‌توان به‌خوبی آن را درک کرد، درنتیجه، مردان دینی که آموزه‌های خود را در کلیسا می‌آموختند، نزدیک بود که زندگی عقلانی مردم را قبضه و تسلط بکنند؛ چرا که کلیسا منبر گفتگو، روزنامه‌نگاری، نشر و پخش، کتاب‌خانه، مدرسه و دانش‌کده شده بود.»
تفکر اساسی فیلسوفان مسیحی خواه از رجال کلیسا بودند یا از عموم مسیحیان، متأثر از فرهنگ «اغریقی» (یونان قدیم)، مخصوصا آرای «ارسطو» و «بطلمیوس» بود. آن‌ها تلاش کردند تا بین این نوع افکار فلسفی و آرای دینی آشتی و توفیق ایجاد کنند و نتیجۀ این کار، نشأت فلسفه‌ای به نام «فلسفۀ مسیحیت» شد که مرکب از نظریات اغریقی و آموزه‌های ظاهری تورات و اناجیل و گفته‌های قدیس‌های قدیمی بود.
از آن‌جاکه در آن عصر، علم و فلسفه یک چیز بود و از هم جدا نبودند، فلاسفۀ مسیحی همۀ اکتشافات علم بشری از قبیل نظریات فلکی، جغرافیایی و تاریخی را در حیطۀ فلسفه داخل کردند و کلیسا این فلسفۀ مرکب را بهترین مدافع تعالیم خود در مقابل منتقدین و ناباوران دانست و به آن اقرار و اعتراف کرده و آن را جزئی از عقیدۀ مسیحیت قرار داده و دست به تحریف آموزه‌های اساسی خود زدند و بعضی از این معلومات را در متن و اساس کتب مقدسه داخل کرده بودند.
قبل از نهضت علمی اروپا، اصول دینی مسیحیت برگرفته از آرای فلسفی و طبی ارسطو نظریۀ «عناصر اربعه» و نظریۀ بطلمیوس مبنی بر این‌که «زمین مرکز کائنات است»، بود. هم‌چنین «قدیس آگوستین»، «کلیمان اسکندری» و «توما اکوینی» مواردی را به این دین اضافه کرده بودند که جزو اصول دین قرار گرفته بودند و هیچ‌گونه مخالفتی با آن‌ها روا نبود.
در مورد جهان و تاریخ خلقت آن معتقد بودند که خداوند این جهان را 4004 سال قبل از میلاد حضرت مسیح علیه‌السلام خلق کرده است و آن را با خلق انسان در جنت عدن، تاج‌گذاری کرده است.
در زمینۀ نظریات طبی، برترین و موفق‌ترین ابزار علاجی از نظر آن‌ها این بود که طقوس و رسوم دینی را برای طرد شیاطینی که سبب مریضی می‌شوند، بکار گیرند و اشارۀ صلیب را رسم کنند و تصاویر مریم عذرا و قدیس‌ها را زیر سر فرد مریض بگذارند تا شفا ببیند.
این نوع آرا و نظریات عجیب که هیچ ارتباطی با آموزه‌های واقعی دینی، طبی و فلکی نداشتند، جامعۀ اروپا را آمادۀ انقلاب و خیزش علمی علیه کلیسا کرد. اروپا نیز روش نهضت و قیام علیه این خرافات را از مراکز تمدن اسلامی در اندلس، جزیرۀ «سیسیل» و جنوب ایتالیا آموخت، این مراکز اسلامی در زمان خود نور علم و دانش را در جامعۀ غربی که غرق در تاریکی و جهالت بود، گسترش داده بود و اروپایی‌ها نیز به تدریج از خواب سنگین بیدار شدند و تصمیم به انقلاب و خیزش علیه خرافات کلیسا گرفتند، کلیسا نیز علیه آنان فرمان‌های بی‌شماری صادر کرد که مهم‌ترین آن‌ها برپایی محاکم تفتیش بود.
