قرن هفدهم میلادی و آغاز مخالفت نظریات علمی با کلیسا
اولین جرقه و حرکت مخالفت نظریات جدید علمی اروپا با عقاید و نظریات کلیسا، به قرن هفدهم میلادی و پیدایش دانشمندانی مانند « نیکولاس کوپرنیک»، «گالیله»، «برونو» و… بر می‌گردد.
اعتقاد کلیسا در مورد اجرام سماوی و سیستم اداره و حرکت زمین چنین بود: «زمین، مرکز جهان بوده و همواره ساکن است؛ زیرا «اقنوم دوم»؛ یعنی حضرت عیسی مسیح علیه‌السلام در آن ظهور کرده است و بر همین زمین، عملیۀ قربانی‌شدن وی صورت گرفته است و بر همین زمین نیز «عشای ربانی» را تناول خواهد کرد.»
تورات نیز معتقد است که زمین تا ابد برپا خواهد بود و خورشید طلوع و غروب خواهد کرد و پس از غروب، دوباره با سرعت به‌سوی مشرق حرکت خواهد کرد.
هم‌چنین کلیسا «کروی‌بودن زمین» و این‌که «گوشۀ دیگر آن نیز محل سکونت باشد» را انکار کرده بود و گفته بود: یکی از آرای اشتباه این است که انسان به وجود مردانی اعتقاد داشته باشد که محل قدم‌گذاشتن آن‌ها بربالای سرهای‌شان باشد و به‌وجود گیاهانی اعتقاد داشته باشد که درحالی‌که به پایین زده شده‌اند، رشد کنند.
دلیل کلیسا نیز این بود که اگر گمان و پندار (کروی‌بودن زمین و مسکونه‌بودن گوشۀ دیگر آن) صحیح باشد، لازم خواهد بود تا حضرت مسیح علیه‌السلام به گوشۀ دیگر زمین برود و به‌خاطر نجات آن‌ها نیز به صلیب آویخته شود.
اولین فردی که در قرن هفدهم میلادی بر خلاف نظریات کلیسا رأی و نظر داشت و کلیسا را به لرزه در آورد، کوپرنیک بود. وی برخلاف عقیدۀ کلیسا و عقیدۀ بطلیموس، زمین را مرکز جهان نمی‌دانست و آن را مرکز و مدار بقیۀ اجرام سماوی قرار نمی‌داد. او در این مورد کتابی به‌نام «حرکت اجرام سماوی» نوشت و نظریات مخالف خود را در آن مطرح کرد. وی خوش‌شانس بود که پس از چاپ و نشر کتاب خود، اجل وی فرا رسید و از دنیا رفت وگرنه سرانجام و آیندۀ بسیار دشوار و خطرناکی منتظر وی بود و بدون شک توسط محاکم تفتیش به انواع اذیت و آزار و شکنجه‌ها مبتلا می‌شد.
پس از چاپ کتاب وی و مرگ خودش، کلیسا کتاب او را تحریم کرد و گفت در این کتاب وساوس شیطانی بی‌شماری که متضاد و مغایر با روح انجیل است، وجود دارد. کلیسا گمان کرد که این نظریه با مرگ صاحب آن، ختم به‌خیر شده است و ازبین رفته است، اما چیزی نگذشت که دوباره فردی به‌نام «جردانو برونو» همین نظریه را پس از وفات کوپرنیک برپا کرد. چیزی نگذشت که محکمۀ تفتیش او را دستگیر کرد و شش سال وی را زندانی کرد، وقتی پس از تحمل زندن بازهم بر رأی و نظر خود اصرار داشت و از آن کوتاه نیامد، کلیسا وی را در سال 1600م. آتش زد و خاکستر وی را در هوا رها کرد و او را درس عبرتی برای دیگران قرار داد.
چند سال پس از فوت برونو، گالیله دست به اختراع تلسکوپ زد و آن‌چه را که اسلاف وی فقط به‌صورت نظری گفته بودند، به‌صورت تجربی حمایت و تایید کرد. این اتفاق، دلیل قانع‌‌کننده‌ای برای کلیسا در جهت دستگیری ومحاکمۀ وی بود. اینجا بود که هفت تن از کاردینال‌ها فیصله کردند که وی باید مدتی را در زندان بگذراند و فیصله کردند که باید مزامیر هفتگانۀ ندامت را به مدت سه سال هر هفته بخواند.
وقتی گالیله ترسید که وی نیز به سرنوشت و سرانجام برونو مبتلا شود، ارتداد خود را از نظر و اندیشۀ جدید خود اعلان کرد و درحالی‌که در پیشگاه رئیس محکمه زانو زده بود، چنین اظهار داشت: من گالیله درحالی‌که به هفتاد سال از سن خود رسیده‌ام و محبوس بوده و در پیشگاه حضرت شما زانو زده‌ام و درحالی‌که کتاب مقدس جلو روی من است و آن را با دستان خود لمس می‌کنم، نظریۀ الحادی و اشتباه گردش زمین را رها کرده و آن را لعن و نفرین و تحقیر می‌کنم.
وی در کنار توبه، تعهد داد تا هر ملحدی را که شیطان به وسوسه انداخته است تا این نظریه را تایید کند، تحویل محکمه بدهد.
بدین‌ترتیب، این‌ها رهبران و نظریات جدید علمی اروپا بودند و این نیز موقف و موضع رسمی کلیسا در قبال آن‌ها بود. البته این نوع برخورد کلیسا با آن‌ها، عجیب و نامفهوم نبود؛ زیرا افکار و اندیشه‌های کلیسا در تاریکی به‌سر می‌برد و مردم را به‌وسیلۀ خرافات به بردگی گرفته بودند و برای این خرافات دلایل نامفهوم دین ارائه می‌کردند.
باوجود همۀ این سخت‌گیری‌ها و اذیت و آزاری که کلیسا علیه بنیان‌گذاران نظرات جدید علمی در قرن هفدهم میلادی انجام داد، اما بازهم نظرات کوبرنیک، برونو، گالیله تأثیر وسیعی در جامعه گذاشته بود و در فلسفۀ عمومی اروپا رسوخ کرده بود؛ به‌گونه‌ای که بسیاری از مردم اعتماد به کلیسا را از دست داده بودند و نسبت به صحت آموزه‌های آن به شک گراییده بودند.
نظریات این افراد، پنجره‌های جدیدی از استفاده از عقل و تجربه را در زمینۀ رسیدن به حقایق در پیش روی مردم گشود و نظریات جدیدی را به آنان ارائه کرد و نظریۀ ثبات مطلق را که بر عقلانیت اروپایی سیطره داشت، به لرزه در آورد.
نزاع و درگیری دیگری که در این قرن به‌وجود آمد، بحث نزاع و تضاد «وحی» و «عقل» بود. در ابتدا، عقل‌گرایان جرئت نکردند که وحی را کاملا انکار کنند و آن را نادیده بگیرند، بلکه سعی و تلاش کردند تا نظرات خود را توجیه کرده و با آموزه‌های دینی تطبیق کنند.
یکی از مذاهب مشهور این عصر، مذهب فلسفی و عقلانی «دیکارت» بود. وی مردم را فراخواند تا منهج و روش عقلانی را در فکر و زندگی خود پیاده کنند و دین و عقاید کلیسا و نصوص مقدسه از این مورد مستثنی باشند، او معتقد بود که میدان علم، طبیعت است و موضوع آن، بهره‌گیری از نیروهای طبیعی است و ابزار آن نیز ریاضت و تجربه است و دین نیز مختص گشت‌وگذار نفس انسان در جهان دیگر است و تکیۀ آن بر اعتقاد و تسلیم‌بودن است و تضادی بین علم و دین نیست و هیچ‌کدام بر دیگری سلطه‌ای ندارد.
این مذهب، بزرگ‌ترین مذهب فلسفه در غرب بود و درواقع پله‌ای برای انکار مطلق وحی بود. این نظریه را افرادی مانند فرانسیس بیکن، «اسپینوزا» و «جان لاک» تایید کرده بودند. اسپینوزا از این جهت که یهودی بود، معتقد بود که کتب دینی باید به همان شیوه‌ای مورد ارزیابی و بررسی قرار بگیرند که سایر کتب تاریخی بشری مورد ارزیابی قرار می‌گیرند، به این علت که کتب وحیانی نیز میراث بشری هستند.
جان لاک حتی فراتر رفت و گفت وقتی که عقل و وحی تعارض کنند، باید عقل ترجیح داشته باشد و از آن در زمینۀ تفهیم و اجرای وحی استفاده شود. هم‌چنین وی بنیان‌گذار نظریۀ جدیدی شد که عبارت بود از این‌که هر فردی اختیار انتخاب ادیان و مذاهب را داشته باشد و هر کدام را خواست قبول کند و هر کدام را نخواست رد کند.
انتقاد و نقد این فرد به مرحلۀ انکار صریح وحی و رسالات آسمانی نرسید و چه‌بسا از ترس محاکمۀ تفتیش یا حداقل از ترس جامعۀ مسیحی چنین اقدامی نکردند. کتاب‌های این نویسندگان مورد تعرض و مصادره و آتش‌زدن قرار گرفتند و خود آن‌ها نیز مورد اذیت‌وآزار و سخت‌گیری کلیسا قرار گرفتند، اما گسترش علم در هر مکان و به‌وجودآمدن اختلاف بین طوائف مسیحیت، کلیسا را از سر به نیست‌کردن آن‌ها مصروف ساخت.
