در ماه شوال سال پنجم هجری غزوه خندق با احزاب پیش آمد، در این غزوه یکی از سواران قریش بنام عمروبن عبد وَدَّ که به تنهایی هزار مرد سواره به شمار می آمد، در برابر صفوف مسلمانان ایستاده وبه مبارزه طلبید. حضرت علی (رضی‌الله‌عنه) به میدان آمد وگفت: ای عمرو تو باخدا بسته ای که هرگاه مردی از قریش تورا به یکی از دوکار فراخواند، یکی ازآن دو را بپذیری؟ گفت: آری؛ چنین است. علی (رضی‌الله‌عنه) فرمود: پس من تورا به خدا و رسولش و به اسلام دعوت می کنم. عمرو گفت: من نیازی بدان ندارم. علی (رضی‌الله‌عنه) گفت: پس تو را به جنگ تن به تن می‌خوانم. عمرو گفت: چرا ای برادر زاده به سوگند من دوستندارم تورا بکشم. علی گفت: ولی من دوست دارم تورا بکشم. در این حال عمرو خشمگین شد واز اسبش فرود آمد وآن را پس کرد و سپس به علی (رضی‌الله‌عنه) روی آورد. آنان با یگدیگر به مبارزه پرداختند تا آنکه سرانجام حضرت علی (رضی‌الله‌عنه) او را کشت.
جنگ خیبر و جوانمردی علی (رضی‌الله‌عنه)
در آخر ماه محرم سال هفتم هجری جنگ خیبر رخ داد، در این جنگ جوانمردی علی (رضی‌الله‌عنه) و جایگاه او نزد خدا ورسولش به گونه ای شگفت اشکار گشت وخداوند، خیبر را که از نظر موقعیت جنگ و استراتژیکی بسیار مهم بود، به دست وی گشود.
خیبر در شمال شرقی واقع بود و با شهر مدینه هفتاد مایل فاصله داشت، رسول الله (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) با سپاه خود که مرکب از هزار وچهار صد نفر بود به سوی خیبر حرکت نمود وطی یک حمله ی گسترده قلعه های آنرا یکی پس از دیگری فتح نمود. ولی فتح قلعه «قموص» برای مسلمانان دشوار می نمود. حضرت علی (رضی‌الله‌عنه) در آن هنگام از درد چشم رنج می برد، پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) فرمود: وفردا پرچم را کسی به دست خواهد گرفت که خدا رسولش او را دوست دارند وقلعه به دست او گشوده خواهدشد. هر یک از بزرگان صحابه امیداور بود که پرچم به اوسپرده شود، پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) علی را که در آن هنگام به چشم درد مبتلا بود نزد خود فرا خواند وبرچشمان او از لعاب دهان مبارک خویش مالید وبرای وی دعا کرد. بی درنگ چشمانش چنان بهبود یافت که گویی اصلاً دردی نداشته‌اند. آنگاه پرچم را به او سپرد. حضرت علی (رضی‌الله‌عنه) پرسید؟ آیا با آنان پیکار کنم، تا همانند ما مسلمان شوند؟ رسول خدا (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) فرمود: راهت را ادامه بده تا در کنار قلعه،آنها فرود آیی آنگاه آنان را به اسلام فراخوان وحق خدا را بر آنان عرضه کن! به خدا سوگند: اگر خدوند به دست تویک فرد راهدایت نماید، بریت از گله ی شتران سرخ موی وگرانبها بهتر است.
حضرت علی (رضی‌الله‌عنه) به قلعه ی «قموص» رسید. مرحب، پلهوان مشهور در حالی که رجز می خواند بیرون آمد علی ومرحب دوضربه رد وبدل کردند، آنگاه حضرت علی (رضی‌الله‌عنه) ضربه‌ای اوزد که شمشیر کلاه آهنین وسراو را شکافت وتاه دندان‌هایش بیش رفت وبدین سان شهر فتح شد.
در نیابت از رسول‌الله (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) و فروتنی
درماه رجب سال نهم هجری جنگ تبوک روی داده، رسول خدا (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) محمدبن سلمه (رضی‌الله‌عنه) را برای اداره‌ی امور مردم مدینه تعیین نمود. واین مکتوم را برای امامت ونماز گزاران با مردم انتخاب کرد وحضرت علی (رضی‌الله‌عنه) را برای سرپرستی وحراست اهل بیت خویش مقرر کرد، زمانی که علی (رضی‌الله‌عنه) از شایعه پراکنی منافقان به پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) شکایت کرد، آن حضرت (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) فرمود: آیا از این خشنود نیستی که برای من همانند هاروان نسبت به موسی باشی، جز آنکه پس از من پیامبری نیست.
درروایتی دیگر آمده که رسول خدا (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) حضرت علی را به جای خویش در مدینه گذاشت. علی (رضی‌الله‌عنه) گفت: یا رسول الله (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) آیا مرا با زنان کودکان در مدینه می گذاری؟….. تاپایان روایت.
در سال نهم هجرت بعد ار فتح مکه ومراجعت از جنگ تبوک، گروه های به نمایندگی از عربها از گوشه وکنار به مدینه روی آوردند وگروه گروه در اسلام داخل شدند. رسول خدا (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) خالدبن ولید (رضی‌الله‌عنه) را با جماعتی ازمسلمانان به سوی یمن فرستاد، تا آنان ا به اسلام فراخوانند ایشان به مدت شش ماه در آنجا ماند ومردم را به سوی اسلام دعوت می کرد، ولی آنان اجابت نمی کردند. مرحله دوم، رسول‌الله (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) علی بن ابی طالب را به سوی آنان فرستاد، همین که حضرت علی (رضی‌الله‌عنه) نامه وپیام پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) را برای آنان قرائت نمود، همه‌ی قبیله‌ی همدان اسلام را پذیرفتند سپس حضرت علی (رضی‌الله‌عنه) خبر مسلمان شدن آنها را طی نامه‌ای به اطلاع پیامبر خدا (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) رسانید. وقتی آن حضرت نامه را خواند، به سجد افتاد وپس از آنکه سرش را بلند کرد گفت: سلام بر قبیله‌ی همدان درود بر قبیله‌ی همدان.
در سال نهم هجری حج فرض شد، رسول خدا (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) حضرت ابوبکر را امیر وسرپرست حجاج مقرر فرمود تا مراسم حج را باآنها برگزار کنند تا آن زمان هنوز مشرکان همراه با مسلمانان به شیوه ی جاهلی خویش مراسم حج را به جای می آوردند. بعد از رفتن حضرت ابوبکر با سیصدتن از مسلمانان، پیک وحی سوره ی برائت (توبه) را بر پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) فرود آورد. ایشان حضرت علی (رضی‌الله‌عنه) خواست وفرمود: آیات نخستین سوره برائت رابگیر ودر روز نحر(عیدقربان) هنگامی که مردم در”منا” گرد می آیند قرائت کن و به آنان ابلاغ کن که هیچ کافری به بهشت وارد نخواهد شد وپس از این سال هیچ مشرکی حج نگزارد وهیچ برهنه ای خانه ی خدا را طواف نکند وهر کس با پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) عهد وپیمانی تا پایان مهلت خود دارای اعتبار است.
حضرت علی (رضی‌الله‌عنه) برشتر پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) که عضباء نام داشت سوار شد وراه مکه را در پیش گرفت تا به حضرت ابوبکر (رضی‌الله‌عنه) رسید حضرت ابوبکر از او پرسید آیا برای انجام مأموریتی آمده ای یا اینکه امارت وسرپرستی حجاج به تو سپرده شده است؟ حضرت علی (رضی‌الله‌عنه) گفت: برای انجام مأموریتی آمده ام. پس آن دو به راه خود ادامه دادند مردم سرپرستی ابوبکر (رضی‌الله‌عنه) مراسم حج را انجام دادند. هنگامی که روز نحر(دهم ذوالحجة) فرارسید، حضرت علی درمیان مردم ایستاد وآنچه را پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) به او فرموده بود، به مردم ابلاغ کرد.
حجةالوداع و خطبه غدیرخم
حضرت علی (رضی‌الله‌عنه) حجةالوداع در حالی که از نجران یکی شهرهای یمن برمی‌گشت خود را به پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) رساند، رسول‌خدا (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) در این حج یکصدشتر برای قربانی به همراه داشت؛ شصت وسه شتر را به دست خویش سربرید وسپس به علی (رضی‌الله‌عنه) فرمود که باقی مانده را از جانب اوگلو ببرد (نحرکند) بدین ترتیب یکصدقربانی کامل شد، بعد از آنکه رسول‌الله (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) مناسک حج را انجام داد وباهمراهانش به سوی مدینه حرکت کرد، وقتی به غدیرخم رسید، خطبه‌ای ایراد نمود ودر آن خطبه، از فضایل علی (رضی‌الله‌عنه) سخن گفت وفرمود:
“من کنت مولاه فعلی مولاه، اللهم وال من والاه وعاد من عاداه”.
انگیزه ی ایراد این سخنان این بود که بعضی از مردم بر حضرت علی (رضی‌الله‌عنه) انتقاداتی داشتند واو را بخاطر بازگرداندن لباس های تقسیم شده از مال غنیمت توسط جانشین اش در میان سپاهیان، مورد ملامت قرار داده بودند ابن کثیر (رحمه‌الله) می گوید: پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) در آن خطبه درباره مطالب زیادی سخن گفت وهمچنین در باره امانت، عدالت وصفاتی نیکوی علی (رضی‌الله‌عنه) وقرابت وی باپیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) سخن گفت وبا این سخنان به کدورتی که در قلوب عده ای نسبت به علی (رضی‌الله‌عنه) پبش آمده بود پایان داد.
