شاید بتوان مدعی شد که یکی از دلایل منسوخ شدن دین مسیحیت/نصرانیت وجود باور به تثلیث است. ازاین‌رو، بدیهی است که اسلام به عنوان دین مابعد و منسوخ کننده‌ی مسیحیت، دین توحید است و توحید ناب و خالص را ترویج می‌کند و با تثلیث به مقابله برمی‌خیزد. قرآن کریم، کتاب مقدس آسمانی، اعتقاد به تثلیث را کفر و شرک می‌خواند و از مسیحیان می‌خواهد تا به اعتقاد توحید بازگردند و از هرگونه اعتقاد شرک‌آمیز پرهیز نمایند: «ای اهل کتاب! در دین خود غلو و زیاده‌روی نکنید و درباره‌ی خدا جز حق نگویید، بی‌گمان عیسی مسیح پسر مریم، فرستاده‌ی خدا است و نتیجه‌ی فرمان (و مخلوق) اوست که او را به مریم، القا نمود و روحی از طرف او بود. بنابراین به خدا و پیامبران او ایمان بیاورید و نگویید (خداوند) سه‌گانه است. از این (سخن بیهوده) دست بردارید که به سود شما نیست. همانا خداوند تنها معبود یگانه است، او منزه است از آن که فرزندی داشته باشد، و از آن اوست آنچه در آسمان‌ها و در زمین است و برای تدبیر و سرپرستی آن‌ها خداوند کافی است.»
در آیه‌ی دیگر قرآن کریم آمده است: «کسانی‌که گفتند خدا سومین از سه است، قطعاً کافر شده‌اند و حال آنکه هیچ معبودی جز خدای یگانه نیست و اگر از آن چه می‌گویند، باز نایستند، به کافران ایشان عذابی دردناک خواهد رسید. چرا به درگاه خدا توبه نمی‌کنند، و از وی آمرزش نمی‌خواهند؟ و خدا آمرزنده و مهربان است. مسیح، پسر مریم، جز پیامبری نبود که پیش از او نیز پیامبرانی بودند؛ و مادرش زنی بسیار راستگو بود و هر دو غذا می‌خوردند.
آنچه از این آیات به دست می‌آید، صراحت در نقد تثلیث دارد. خداوند با خطاب «انتهوا خیراً لکم» از مسیحیان می‌خواهد این داستان را تمام کنند؛ زیرا خداوند به خوبی آگاه است که تثلیث در مسیحیت اولیه و راستین وجود نداشته و بعدها توسط بزرگان مسیحی وارد این دین شده است. قرآن با طرح مواردی مانند: فرزند نداشتن خدا، بشر بودن عیسی، پیامبر بودن عیسی، و ذکر صفات بشری مانند خوردن غذا و… برای عیسی، رسماً خدا بودن او را منتفی می‌داند و از مسیحیان می‌خواهد که برای چنین گناهی توبه کنند.
در آیه‌ی دیگر از حضرت عیسی علیه‌السلام سوال می‌کند که آیا شما به مردم گفته‌اید که شما را خدا بدانند؟ حضرت عیسی پاسخ می‌دهد، من هرگز سخن ناحق نمی‌گویم و چنین امری را رد می‌کنم.
با رد تثلیث از سوی قرآن کریم و با الهام از این فرمان خداوند، تعداد زیادی از محققان مسلمان نیز به رد نظریه‌ی تثلیث پرداخته و جواب‌های دینی، عقلی و عرفانی متعددی را طرح کردند. مثلا ابن حزم اندلسی در تحقیقات خویش بیشترین تلاش را برای رد نظریه‌ی تثلیث از خود نشان می‌دهد. او در ذیل ردیه‌ای که بر افراد قائل به بیش از یکی بودن پدیدآورنده‌ی جهان نوشته، تثلیث و این قول را که عیسی پسر خدا است، نیز به‌طور مبسوط مطرح و رد می‌کند. ابن حزم در مواردی با استناد به کتب مسیحی که عیسی را انسان و یا تنها نبی دانسته‌اند، به انکار تثلیث می‌پردازد. در موارد متعددی ابن حزم، مسیحیان را به این دلیل که علی‌رغم رعایت شرایع تورات و روز سبت (شنبه) توسط عیسی و مسیحیان صدر نخست، از رعایت آن دست کشیده‌اند، مورد انتقاد قرار می‌دهد.
تثلیث خواندن خدا و اولوهیت، چنان خِردستیزانه است که عارفان و شعراء نیز این پدیده را انکار و رد کرده‌اند، مثلاً سعدی وقتی عالمانه به نقد یکی از خصایص نامطلوب مردم، که خود از آن به «جور زبان‌ها» تعبیر می‌کند، می‌پردازد تا بگوید که «کس از دست جور زبان‌ها نرست»، پس از بیان جلوه‌ها و نمونه‌های جور زبان‌های مردم نسبت به یکدیگر، سخن را این سان به پایان می‌برد که: حتی پیامبر خدا و خدا هم از جور زبان‌ها نرسته‌اند و چاره‌ای جز شکیبایی نیست.
که یارد به کنج سلامت نشست؟ که پیغمبر از خبث دشمن نرست
خدا را که مانند و انباز و جفت ندارد، شنیدی که ترسا چه گفت؟
رهایی نیابد کس از جور کس گرفتار را چاره صبر است و بس
پیداست که مراد از سخن ترسا (مسیحیان) در باب خدای بی‌نیاز و بی‌مانند، همان حکایت تثلیث است. یعنی پدر و پسر و فرشته یا آب و ابن و روح‌القُدُس، آن هم براساس تفسیری که از این مسأله در کتب کلامی آمده است و انکار نمی‌توان کرد که این مسأله به همین صورت ظاهری (تثلیث: سه گانگی دست کم باور برخی از فرق مسیح بوده است) و نه مطابق تفسیر عرفانی که تثلیث با وحدت و توحید ناساگار نیست، بل عین توحید است که به تعییر هاتف اصفهانی:
سه نگردد بریشم ار او را پرنیان خوانی و حریر و پرند
سعدی با این نتیجه‌گیری: «که یکی هست و هیچ نیست جز او…»، یعنی خدا یکی از است و هیچ شریک ندارد، این داستان را به پایان می‌رساند.
در تحقیقات جدید محققان غربی نیز مشخص شده است که اعتقاد به تثلیث در نسخه‌های قدیمی انجیل یافت نمی‌شود و این عبارت تنها در نسخه‌های خطی متأخر دیده می‌شود. علاوه بر این عده‌ای دیگر از دانشمندان غربی دریافته‌اند که بین عقاید مسیحیان و ادیان هندی تشابه عجیبی وجود دارد. آنان در مطالعات خود متوجه شدند که عقاید تثلیث، فدا، تصلیب و سایر مسائل اعتقادی مسیحیان عیناً در مذاهب بُت‌پرستان وجود دارد و در اعتقادات بنی اسرائیل سابقه‌ای نداشته است. محققان حتی در برابر جمله‌هایی از انجیل، عبارت‌های مشابهی در کتاب‌های هندویی و بودایی یافتند که حیرت‌شان را بر انگیخته است. آنان پی بردند که حتی لقب‌های گوسفند خدا، فرزند خدا، بردارنده‌ی گناهان، فداشونده و غیر این‌ها که به مسیح علیه‌السلام اطلاق می‌شود در آن مذاهب نیز وجود دارد و چون سابقه‌ی تاریخی آن ادیان بیشتر است، دانشمندان به این نظراند که اعتقادات و اصطلاحات مسیحیان در این باب باید از آن ادیان گرفته شده باشد.
