ایالات متحده پس از حمله‌ای که به برج‌های دوقلو انجام شد، انگشت اتهام را به‌سوی القاعده دراز کرد و امارت اسلامی را تحت فشار قرار داد تا اسامه‌بن‌لادن و مجاهدین عربی را که در کشور افغانستان پناهنده بودند، تحویل آنان بدهد، امارت اسلامی در آزمون کلانی قرار گرفته بود، از یک جانب خوف حمله آمریکا بر افغانستان بود و از جانب دیگر تحویل مسلمانانی که به افغانستان پناه آورده بودند برخلاف آموزه‌های دینی و غیرت اسلامی بود، از این‌جهت امارت اسلامی جلسه کلانی از علما و اندیشمندان اسلامی را در کابل برگزار کرد و از آنان در مورد شرایط به‌وجودآمده استفسار کرد، پس از چند روز بررسی و تحلیل قضیه، علما تصمیم نهایی را گرفتند و از آمریکا خواستند به افغانستان حمله نکند و از امارت اسلامی نیز خواستند تمام تلاش خود را جهت حل مسالمت‌آمیز موضوع به‌کار بگیرد و فتوا دادند که درصورت حمله آمریکا به افغانستان، جهاد علیه این کشور «فرض عین» است.
با این‌وجود، آمریکا آمادگی خود را برای حمله به افغانستان گرفته بود و تمام تمرکز خود را بر آغاز جنگ معطوف کرده بود و حتی از کشورهای عضو ناتو و منطقه کمک عملی و استخباراتی می‌گرفت و بسیاری از متنفذین قومی، تفنگ‌داران و جنگ‌سالاران و جریان‌های داخلی افغانستان را نیز اجیر خود ساخته بودند.
سرانجام در تاریخ 7 اکتوبر سال 2001م. برابر با 15 میزان 1380ه.ش. آمریکا به افغانستان حمله کرد. در شب اول حمله، آمریکایی‌ها با استفاده از موشک‌های کروز، بمب‌افکن و طیاره‌های حامل بمب‌های هدف‌گیر دقیق، 31 هدف مختلف در شهرهای مختلف افغانستان را مورد حمله قرار داد. اولین حمله به میدان هوایی قندهار و سیستم ضد هوایی بود که تلفات جانی نداشت، سپس به منزل ملامحمدعمر مجاهد، رهبر امارت اسلامی افغانستان حمله صورت گرفت که افرادی از خانواده ایشان شهید شدند. به همین‌ترتیب، حملات آمریکا گسترش یافت و انواع سیستم‌های برقی، راداری، منافع عمومی و ملی، خطوط جنگی و دفاعی را ازبین بردند.
سرانجام برای ازبین‌بردن مجاهدین، از بمب شیمیایی استفاده کردند. همین موضوع باعث شد که به‌تدریج، مجاهدین از شهرها و ولایات عقب‌نشینی نمودند و از جنگ جبهه‌ای به جنگ چریکی روی آوردند. در هنگام عقب‌نشینی، صحنه‌های رقت‌باری از جهاد و مجاهده ملت افغانستان و نیز خیانت اجیران و جنرالان دست‌نشانده آمریکا به‌وقوع پیوست و بسیاری از مجاهدین، با قساوت و بی‌رحمی و خیانت اجیران، به‌شهادت رسیدند.
آغاز عقب‌نشینی مجاهدین امارت اسلامی از ولایات
در ابتدا مجاهدین، بلخ، شبرغان و دیگر شهرهای شمال را ترک کردند. سپس از هرات، کابل، جلال‌آباد، غزنی، گردیز و شهرهای دیگر عقب‌نشینی نمودند. پس از چند هفته، تنها قندوز و مناطق مرکزی ولایت قندهار فقط در کنترل امارت اسلامی باقی مانده بود.
در قندوز، هزاران مجاهد گرفتار شده بودند و طیاره‌های آمریکایی از بالا آنان را بمباران می‌کردند و از زمین نیز نیروهای دوستان آمریکایی‌ها که زیر فرمان جنرالان اجیر و سرسپرده اشغال‌گران بودند، به آنان حمله می‌کردند. این حملات، در کنار مجاهدین، به مردم عادی قندوز نیز تلفات و صدمات سنگینی وارد ساخته بود و همین موضوع سبب شد تا مجاهدین قبول کنند تا با دوستم، جنرال اجیرشده اشغال‌گران مذاکره کنند، او و دیگر مخالفین آن زمان، به مجاهدین تعهد سپردند که اگر مجاهدین اسلحه خود را تحویل دهند، راه رسیدن به خانه‌های آنان را هموار خواهند ساخت، اما آنان خیانت کردند و مجاهدین را در کانتینرهای دربسته خفه کردند و آن‌هایی که زنده مانده بودند نیز قتل عام شده و یا به زندان‌های مخوف انداخته شدند.
در قندهار نیز مجاهدین روزهای متمادی در مقابل اشغال‌گران مقاومت کردند. اما وقتی خطر ویرانی کل شهر به‌وجود آمد، مجاهدین عقب‌نشینی نمودند. قومندانی و رهبری این جنگ، به‌عهده شخص ملامحمدعمر مجاهد بود و وی آخرین فردی بود که قندهار را ترک گفته و به ولایت زابل رفت و تا لحظه وفات خویش، مشغول فعالیت‌های جهادی در همان منطقه بود.
به این ترتیب، آمریکا و دست‌نشاندگان وی شهرهای افغانستان را کاملاً اشغال کردند و وزیر دفاع آمریکا، «دونالد رامسفلد»، پیروزی خود را اعلان کرد.
پس از تکمیل اشغال افغانستان توسط آمریکا، دست‌نشانده‌ها و اجیران این کشور گرد هم آمدند و هرکدام برای رسیدن به جایگاه و چوکی و سهم‌داشتن در آینده سیاسی افغانستان، خود را نوکر مخلص‌تر اشغال‌گران معرفی می‌کرد.
به همین علت، مقدمات برپایی یک کنفرانس بزرگ جهت تصمیم‌گیری در مورد شیوه حکومت و آینده سیاسی افغانستان فراهم شد و در شهر بن آلمان، همه سیاسیون و اجیران داخلی جمع شدند و حکومتی که مورد تایید اشغال‌گران باشد را تصویب کردند.
نشست بن و مشروعیت‌دهی اشغال افغانستان
در دسامبر سال 2001م. پس از نُه روز بحث و مشاجره، اعضای شرکت‌کننده در کنفرانس بن توافق کردند که نیروهای بین المللی در افغانستان بمانند و مصروف تعلیم، تجهیز و تربیه نیروهای دولت اجیر شوند، برای بقای آنان در افغانستان هیچ محدودیت زمانی تعیین نکردند بلکه آن را منوط به ضرورت و نیاز افغانستان دانستند. حکومتی جدید، به ریاست موقت «حامد کرزی» تایید شد که متشکل از کابینه‌ای بود که سی کرسی داشت و این کرسی‌ها درمیان جنگ‌سالاران و فرماندهان جهادی که خود را نماینده اقوام افغانستان می‌دانستند، تقسیم شد.
شرکت‌کنندگان، به‌صراحت اعلان کردند که حکومت آینده بر اساس «دموکراسی» و «پلورالیسم اجتماعی» خواهد بود. آزادی‌های اجتماعی و حقوق بشر را به‌روش غربی و برخلاف آموزه‌های اسلامی تصویب کردند. برای گسترش مفاسد اخلاقی که مد نظر جامعه غربی بود، «وزارت زنان» و بحث حقوق آنان را تصویب کردند. از سازمان ملل خواستند با حضور نیروهای بین‌المللی در افغانستان موافقت کند.
به سازمان ملل اجازه داده شد تا درصورت نقض حقوق بشر، طبق آ‌ن‌چه مورد قبول آنان است، دخالت کند و آن موارد را بررسی کند.
این کنفرانس، بر همه بخش‌های نظامی و سیاسی افغانستان سایه افکند و همه سیستم اداری، قضایی، عدلی، دفاعی و اجتماعی را بر اساس الگوی غربی و بین‌المللی طراحی و پیش‌بینی کرده بود. شرکت‌کنندگان در این کنفرانس به زعم و گمان خود راه را برای حکومت‌داری خود هموار کرده بودند و این نشست و نتایج آن را پایان معضل سیاسی افغانستان می‌دانستند، اما گذر زمان و مفاسد اداری، اخلاقی، سیاسی اجتماعی و نیز نبردهای سیاسی رهبران فاسد حکومت دست‌نشانده، این واقعیت را آشکار ساخت که کنفرانس بن و نتایج آن هرگز موفقیت‌آمیز نبوده است.
