بالاخره پس از انجام وظیفۀ مقدس خویش و حفاظت و نجات جهان اسلام از بردگی صليبيان، سلطان صلاح‌الدین ایوبی در تاریخ ۲۷ صفر سال ۵۸۹ ه، در سن 57 سالگی دار فانی را وداع گفت.
قاضی بهاءالدین ابن شداد در مورد وفات سلطان چنین نوشته است: بیست‌وهفتم صفر که روز دوازدهم بیماری سلطان بود مریضی وی شدت یافته و حالت ضعف پیدا کرد. به شیخ ابوجعفر امام الكلاسه -که یکی از بزرگان صالح و باشخصیت بود- این مسئولیت داده شد که شب در قلعه بسر ببرد و مراقب سلطان باشد؛ اگر در شب حالت نزع پیش آمد او را شهادت تلقین کند. سر شب حالت ظاهری سلطان چنان می‌نمود که برای سفر آخرت پابه‌رکاب هست. شیخ ابوجعفر کنار سلطان نشسته و به تلاوت قرآن و ذکر مشغول شد. از مدت سه شبانه‌روز پیش بیهوشی بر سلطان مسلط شده بود؛ چنانکه گاهی در وسط به هوش می‌آمد و هنگامی‌که شیخ آیۀ «هو الله الذی لا اله الا هو عالم الغيب والشهادة» را تلاوت کرد، سلطان به هوش آمد و بر لب تبسمی داشت و با چهرۀ خندانی گفت: درست است آنچه تلاوت کردید در مورد یگانگی خداوند است و فقط به گفتن همین جمله کفایت نموده، جان به جان‌آفرین تسلیم نمود. در این هنگام، فجر روز چهارشنبه، بیست‌وهفتم صفر بود. این حالت چنان برای مردم غیر قابل تحمل بود که پس از خلفای راشدین چنین روز سختی بر مسلمانان در طول تاریخ پیش نیامده بود. قلعه، شهر و تمام کشور وحشت‌زده بود. خدا می‌داند که چه حالت سکوت و مأیوسی فرارسیده بود. من این صحبت را قبلاً شنیده بودم که بعضی‌ها آرزوی فدا شدن برای دوستان را دارند، باور نمی‌کردم و فکر می‌کردم این فقط صحبتی است پرتکلف و مجاز، حقیقت و واقعیتی ندارد؛ اما در این روز برایم ثابت شد که این امر واقعیتی است انکارناپذیر، زیرا بسیاری از مردم را می‌دیدم که اگر اختیار و دسترسی داشتند حاضر بودند عمرشان را به سلطان تقدیم کنند و خودشان از جهان دست بردارند.
قاضی ابن شداد نوشته است که سلطان در ترکۀ خویش فقط چهل‌وهفت درهم باقی گذاشت، علاوه بر این هیچ سرایی و منزلی، باغی، دهی، مزرعه‌ای نداشت؛ حتی برای تجهیز و تکفین وی یک ریال از ترکۀ خودش صرف نشد. کلیۀ وسایل تدفین او به‌صورت قرض خریداری شد؛ حتی بسته‌های گیاهی که روی لحد قبر را می‌پوشانند به قرض خریده بودند و پول کفن را وزیر وی که کاتب و فاضل نیز بود از درآمد حلال و جایزی تهیه کرده بود.
