ابن کثیر (رحمه‌الله) می‌گوید: پس از آنکه کار بیعت باعلی (رضی‌الله‌عنه) به پایان رسید، طلحه و زبیر و دیگر سران صحابه (رضی‌الله‌عنهما) نزد وی آمدند و از او خواستند تا اقامه حدود کند و قصاص خون عثمان (رضی‌الله‌عنه) بگیرد علی (رضی‌الله‌عنه) عذر آورد و گفت قاتلان یاوران و همدستان زیادی دارند وگرفتن قصاص هم اکنون برای من ممکن نیست.
ابن سعد در کتاب «الطبقات الکبری» بعد از ذکر نام بزرگان صحابه که با علی (رضی‌الله‌عنه) بیعت کردند و جمیع کسانی که در مدینه بودند؛ اعم از صحابه و غیر صحابه، می‌گوید: طلحه و زبیر (رضی‌الله‌عنه) به مکه رفتند و عایشه (رضی‌الله‌عنها) نیز آنجا بود که به سفر حج رفته بود. سپس به همراه عایشه (رضی‌الله‌عنه) برای خون‌خواهی عثمان (رضی‌الله‌عنه) عازم بصره شدند، این جریان به اطلاع علی (رضی‌الله‌عنه) رسید، او نیز ازمدینه به سوی عراق حرکت کرد و ابتدا سهل بن حنیف را به جانشینی خود برگزید، ولی سپس برایش نامه نوشت تا به او بپیوندد و به جای او ابوالحسن مازنی را به جانشینی خویش در مدینه منصوب کرد و خود در محل «ذوقار» اردو زد و عمار بن یاسر (رضی‌الله‌عنه) و حسن بن علی (رضی‌الله‌عنه) به کوفه فرستادن تا مردم را به همکاری و خروج باوی دعوت کنند، اهل کوفه نیز اجابت کردند و به او پیوستند آنگاه باشد خود به بصره رفت و آنجا با طلحه و زبیر و عایشه (رضی‌الله‌عنها) و همراهان آنان از اهل بصره و دیگران، در روز«جمل» ماه جمادی الآخر سال (36) هجری برخورد کرد و برآنان پیروز گشت. این جنگ (طبق روایتی) سیزده هزار کشته به جای گذاشت حضرت علی پانزده شب در بصره اقامت گزید وسپس به کوفه مراجعت نمود.
از کاوش در اخبار و شواهد تاریخی ثابت می‌شود که اشتعال جنگ در معرکۀ جمل از سوی سبائیه طرح‌ریزی شده است و مسئولیت آن به عهدۀ آنهاست. شیخ محمد خضری بک در کتاب «تاریخ الأمم الإسلامیه» می‌نویسد: وقتی قاتلان دیدند که اوضاع به سوی صلح و آرامش پیش می‌رود، احساس خطر کردند و با استفاده از تاریکی شب به اردوگاه مردم بصره (طلحه وزبیر) حمله بردند طلحه و زبیر (رضی‌الله‌عنهما) پرسیدند چه شد؟ گفتند: مردم کوفه (لشکریان حضرت علی) شبانگاه به ما هجوم آوردند، گفتند: می‌دانستم که علی (رضی‌الله‌عنه) بدون جنگ وحرمت شکنی دست برنمی‌دارد، او با ما آشتی نخواهد کرد.
آن سوی دیگر نیز وقتی حضرت علی (رضی‌الله‌عنه) سروصدا را شنید، پرسید: چه خبر است؟ سبائیان شخصی را در نزدیکی حضرت علی (رضی‌الله‌عنه) گماشته بودند تا آنچه را می‌خواهند به او بگوید. وقتی علی جویای احوال شد، همان شخص در پاسخ گفت: جمعی از خالفان به ما شبی‌خون زدند که آنان را به عقب راندیم علی (رضی‌الله‌عنه) گفت می‌دانستم که طلحه و زبیر تا خونریزی و حرمت شکنی نکنند باز نخواهند آمد.
علامه ابن کثیر (رحمه‌الله) می‌نویسد مردم پس از شنیدن خبر صلح، شب خوشی داشتند؛ اما قاتلان، آن شب در پریشانی و دلهره به سر می‌بردند و تمام شب به مشوره پرداختند. در نهایت تصمیم گرفتند که قبل از بر قراری صلح شبانه به نحوی که هیچ کس مطلع نشود، آتش جنگ را بر افروزند لذا قبل از بامداد وارد محل شدند… آنگاه جنگ در گرفت و هر دو گروه به مبارزه پرداختند در حالی که ازحقیقت ما جرا بی‌خبر بودند.
علی (رضی‌الله‌عنه) عایشه (رضی‌الله‌عنها) را بی‌نهایت مورد احترام و اکرام قرار داد، مورخان می‌گویند: علی (رضی‌الله‌عنه) عایشه (رضی‌الله‌عنها) را بدرقه نمود و گروهی از نگهبانان را همراه وی فرستاد و چهل نفر از زنان سرشناس بصره را برای همراهی او انتخاب کرد و دستور داد تا دوازده هزار درهم به او بدهند. اما عبدالله بن جعفر بن ابی طالب این مبلغ را کم دانست و برای وی مال بزرگی در نظر گرفت وگفت: اگر ام‌المؤمنین موافقت نکرد به ذمه خودم خواهد بود. حضرت عایشه (رضی‌الله‌عنها) جز این که خراش جزئی به سبب اصابت تیری برداشته بود هیچ گونه جراحت دیگری نداشت. هنگامی که روز حرکت فرارسید، علی (رضی‌الله‌عنه) وسایر مردم برای بدرقه ام‌المؤمنین حضور یافتند، او ضمن خداحافظی گفت: ای فرزندانم! هیچ یک از ما دستۀ دیگر را نکهو‌ش و سرزنش نکند، به خدا سوگند! آنچه بین من و علی در گذشته صورت گرفت، چیزی نبود جز آنچه میان یک زن و خویشاوندان شوهرش پیش می‌آید و او به‌رغم این ماجرا از نیکان و صالحان است. آنگاه حضرت علی (رضی‌الله‌عنه) گفت: به خدا سوگند! او راست می‌گوید. آنچه میان و من و او رخ داد این چنین بود. همانا او در دنیا و آخرت همسر پیامبر شماست. علی (رضی‌الله‌عنه) برای بدرقه او چندین فرسنگ همراه او رفت و تمام آن روز او را همراهی کرد. این واقعه روز شنبه اول رجب سال 36 هجری به وقوع پیوست. درروایات بطور متواتر آمده است که عایشه بعد ازین واقعه اظهار ندامت می‌کرد ومی گفت: «کاش قبل از رسیدن روز جمل از دنیا می رفتم!» و هرگاه از آن روز یاد می‌شد تا جای می‌گریست که روسری‌اش از اشک خیس می‌شد. بعد از پایان جنگ، حضرت علی (رضی‌الله‌عنه) از میان مقتدران می‌گذشت، هرگاه یکی از اهل بصره را می‌دید و می‌شناخت می‌گفت: مردم پنداشته‌اند که افراد سفیه و گمنام در این جنگ با وی شرکت کرده‌اند، ولی این فلانی فرزند فلانی (از سرشناس قوم) است . سپس خود بر مقتولان نماز می‌خواند و دستور همگی را صادر می‌کرد.
حضرت زبیر (رضی‌الله‌عنه) روز جمل از معرکه برگشت و در رود خانه‌ای به نام «وادی سباغ» فرود آمد. شخصی بنام عمروبن جرموز او را دنبال کرد و در حالت خواب به طور ناگهانی او را به قتل رسانید. اما حضرت طلحه (رضی‌الله‌عنه) پس از آنکه در معرکه تیری از سوی فردی نامعلوم به او اصابت کرد (گویند مروان بن هم آن را پرتاب کرده بود) از آنجا به خانه‌ای در بصره رفت و بر اثر خونریزی در گذشت. در روایتی دیگر آمده که طلحه (رضی‌الله‌عنه) در میدان جنگ جان سپرد.
بعد از جنگ جمل مهمترين مسئله براى حضرت على كرّماللّهوجهه تسخير بلاد شام و اخذ بيعت از امير معاويه رضىاللهعنه بود. به همين خاطر حضرت على كرّماللّهوجهه از بصره حركت كرد و 12 رجب سال 36 هجرى وارد كوفه شد و كوفه را مركز خلافت قرار داد.
حضرت علی (رضی‌الله‌عنه) کوفه را در عراق پایتخت و مرکز خلافت خویش قرار داد. کوفه مرکز تمام فعالیت‌های نظامی و انتظامی و اداری ایشان بود. حضرت علی (رضی‌الله‌عنه) به این دلیل به این کار اقدام نمود که نمی خواست شهر مدینه، شهر محبوب و پسندیده‌ی او و دارالهجرة و مدفن رسول الله (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) محل جنگ‌های داخلی و تاخت و تازهای نظامی گردد، زیرا ایشان با بروز اختلافات داخلی وقوع جنگ را پیش بینی می‌کرد، بنابراین ادب مسجد نبوی و حرم دوم و آرامگاه رسول اکرم (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) اقتضا می‌کرد که مدینه منوره مرکز هیچگونه فتنه‌ای قرار نگیرد. به راستی فردی چون علی می‌بایست در این مورد، حساس و غیور می‌بود، چنان که چند سال بعد از این اقدام در زمان یزید، واقعه حره پیش آمد که احساسات مسلمانان را سخت جریحه دار کرد و حرمت شهر پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) و ساکنان آن زیر پانهاده شد. وقوع اینگونه عملیات هنگام جنگ و اختلاف بعید نیست.
اما استاد عقاد دلیل این کار را مصحلت جغرافیایی و اداری و فرهنگی می داند؛ او می‌نویسد:
در آن زمان کوفه مناسب ترین پایتخت برای امامت جهانی بود؛ زیرا این شهر محل اجتماع اقوام و ملیت های گوناگون و گذرگاه بازرگانان هند، فارس، یمن، عراق وسام بود و از طرفی دیگر پایتخت فرهنگی هم بود و مرکز دانش ها وزبان‌های مختلف و علم انساب و فنون شعر و داستان‌نویسی تلقی می‌شد، به همین سبب این شهر از نظر موقعیت زمانی آن روز مناسب ترین مکان برای حکومت یک پیشوا بود.
در لشكر حضرت على كرّماللّهوجهه تعداد اهل كوفه از همه بيشتر بود؛ همچنين كوفه نسبت به مدینه به دمشق نزدیک‌تر بود، همچنین كنترل اوضاع ايران از كوفه مشكلات كمترى را در برداشت. اغلب صحابه كرام به خاطر مأموريتهایشان در عهد خلافت حضرت عثمان (رضی‌الله‌عنه) از مدينه خارج شده بودند زيرا هر شخصى كه به مأموريت می‌رفت تعداد كثيرى از دوستان و خويشاوندان خود را نیز با خود همراه می‌برد تا اين‌كه بهتر بتواند در محل مأموريت انجام وظيفه كند؛ البته فاروق اعظم (رضی‌الله‌عنه) همواره سعى میكرد مركزيّت مدينه را حفظ نماید. به هر حال در زمان حضرت على (رضی‌الله‌عنه) مدينه منوره به حالت اوّلى خود باقى نماند، از اين جهت حضرت على (رضی‌الله‌عنه) مركز خلافت را به كوفه انتقال داد. عامل ديگرى كه باعث اين اقدام شد اين بود كه حضرت على برخلاف خلفاى ثلاثه مجبور شد شخصاً فرماندهى لشكرها را به عهده بگيرد، اين روش گرچه براى نظام خلافت زیان‌آور ثابت شد ولى بهر حال حضرت على با توجّه به شرايط خاص، چارهاى جز اين نمىديد، از اين لحاظ نيز موقعيت كوفه مناسبتر از مدينه بود.
ناگفته نماند كه عده زيادى از شورشيان و قاتلان حضرت عثمان رضىاللهعنه تحت تأثير عبداللّه بن سبا واقع شده و نسبت به وى معتقد بودند، نيز عدّه زيادى از مسلمانان فريب خورده و ساده لوح در گروه وى شركت داشتند بدون آن‌كه از حقيقت امر آگاهى داشته باشند، امّا مهرههاى اصلى اين گروه افراد معدودى بودند كه هنگام ضرورت از افراد ديگر كار مىگرفتند. جالب اين‌كه آنها در برنامههاى مختلف از افراد مختلف كار مىگرفتند به همين دليل مىبينيم گروه عبداللّه بن سبا در قتل حضرت عثمان ذى النورين رضىاللهعنه و در جنگ جمل از شورشيان كار گرفت، امّا وقتى همين گروه بعد از جنگ جمل به انتقاد و عيب‌جويى از حضرت على مشغول شد، تعداد زيادى از آشوب‌گران و شورشيان از آن جدا شده به حضرت على كرّماللّهوجهه پيوستند و با توجّه به فداكارىهاى خويش تحت فرمان حضرت على، در دربار خلافت، نفوذ و اعتبار كسب نمودند.
از سوى ديگر وقتى كه حضرت امير معاويه رضىاللهعنه مشاهده كرد كه قاتلان حضرت عثمان رضىاللهعنه نه تنها جزء لشكريان حضرت على قرار گرفته‌اند بلكه داراى نفوذ و اعتبار خاصى گشتهاند طبعاً اين امر باعث تقويت موضع حضرت معاويه گرديد، زيرا كليه كسانى كه قصاص قاتلان حضرت عثمان را ضرورى مىدانستند آنها را در ميان لشكر حضرت على مشاهده مىكردند، گر چه افضليت حضرت على بر حضرت معاويه نزد آنها امر مسلّم بود ولى با وجود اين به خاطر خون‌خواهى حضرت عثمان، به امير معاويه پيوستند، زيرا حضرت امير معاويه علناً پرچم خون‌خواهى عثمان رضىاللهعنه را بلند كرده بود.
