دعوت قریش و سایر قبایل به سوی اسلام، همچنان ادامه داشت و ازسوی دیگر مخالفت و دشمنی قریش رو به افزایش بود. سرانجام سران قریش در «دارالندوة» تشکیل جلسه دادند و پس از مذاکره در نهایت به توافق رسیدند که از هر قبیله یک جوان شجاع و با نسب برگزینند و همه یکباره مانند فرد واحد بر پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) یورش برند واو را از پای درآورد، بدین گونه خون او در میان قبایل تقسیم می شود و فرزندان عبدمناف نمی توانند با قبایل همه آنها بجنگند. پس از توافق به این تصمیم جلسه به پایان رسید و متفرق شدند.
خداوند پیامبرش را از این توطئه آگاه ساخت، آن حضرت (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) به علی (رضی‌الله‌عنه) دستور داد که شب در بستر او بخوابد و روانداز مخصوص او را بر روی خود بکشد و فرمود: مطمئن باش که هیچ گزندی به تو نخواهد رسید، این کار آسان و ساده نبود و کسی که از ایمان قوی و محبت رسول برخوردار نباشد و به گفته و وعدۀ او اطمینان کامل نداشته باشد و خود را برای فدا ساختن آماده نکرده باشد، هرگز چنین کاری از او ساخته نیست، و در بستری که خطرها گرداگرد آن را فراگرفته اند هرگز چشمانش را خواب نمی برد، علی (رضی‌الله‌عنه) از شدت قریش وجو اختناق آگاه بود ومی دانست اگر مشرکان پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) را نیابند برای تسلی خاطر خود، او را خواهند گشت، اما علی (رضی‌الله‌عنه) همه ی این واقعیت ها را نادیده گرفته وبا آرامش خاطر بر بستر رسول خدا (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) خوش خوابید.
مشرکان در خانه یپیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) گرد آمدند وآماده اجرای نقشه شوم خود بودند در این هنگام رسول خدا (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) مشتی خاک بر داشت و از خانه خارج شد، ایشان در حالی که بر سرمشرکان خاک می افشاند، سوره یس را تا آیه: (وأغشینهم فهم لا یبصرون) تلاوت مر کرد. خداوند بر چشمان آنها پرده افکند که او را ندیدند. چون صبح شد وعلی (رضی‌الله‌عنه) از بستر برخاست مشرکان شرمسار گشته و ناکام برگشتند.
ابن سعد از علی (رضی‌الله‌عنه) نقل کرده است که گفت: آنگاه که رسول خدا (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) برای هجرت به مدینه خارج شد، به من فرمود تا بعد از او بمانم وامانت های را نزد اوبود به صاحبان شان بازگردانم؛ زیرا وی به صداقت وامانت شناخته شده بود ومردم اموال خود را به او می سپردند به همین دلیل او را امین می گفتند. من سه روز در مکه ماندم وهمواره در میان مردم حضور داشتم. بعد از سه روز به دنبال پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) رهسپار شدم تا در محله ی بنی عمروبن عوف رسیدم. سپس به خانه ی کلثوم ابن الهدم که پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) در آنجا مقیم بود وارد شدم.
علی (رضی‌الله‌عنه) شب راه می پیمود وروز در جایی خود را پنهان می کرد، وقتی به مدینه رسید، هر دو عرش شکافته شده بود. رسول الله (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) گفت: علی را نزدمن فراخوانید! گفتند: او توان راه رفتن ندارد. پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) نزد وی آمد واو را درآغوش فشرد واز روی مهربانی بروی گریست. آنگاه آب دهان در دست خود انداخت وبرپاهای او مالید. پس از آن علی (رضی‌الله‌عنه) تا هنگام شهادت از درد پا شکایت نکرد.
ورود علی (رضی‌الله‌عنه) در نیمه ماه ربیع الاول بود، تا آن هنگام پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌وسلم) هنوز در قبا تشریف داشتند.
