آثارِ نجابت و ذکاوت، از خردسالی در سیمای او نمایان بود؛ چنانچه هنوز به سن بلوغ نرسیده بود که راجع به مذاهب، معلومات کافی به دست آورده بود و در همین دوران، بعضی از مشایخِ خود را متوجه اشتباهات علمی‌شان می‌کرد و در 16 سالگی کتاب‌های مشهوری را خوانده بود و احادیث زیادی را استماع کرده بود. او خود گفته است که «در نوجوانی «هفتاد هزار» حدیث را حفظ داشتم». امام ذهبی دربارۀ این دوران از عمر او می‌گوید: «او به تصنیف و روایت احادیث درحالی پرداخت که هنوز مویی در چهره او دیده نمی‌شد».
امام بخاری از حیث قدرت ضبط و قدرت حافظه، از نوابغ روزگار بود؛ هرگاه کتابی را یک بار مطالعه می‌کرد آن کتاب در حافظه‌اش می‌ماند.
امام بخاری به ده سالگی نرسیده بود که قرآن را حفظ کرد و بسیاری از احادیث را در مکتب‌خانه‌ای در «بخارا» فرا گرفت.
چیزی که محدثان معاصر امام بخاری را در حیرت انداخته بود، اوج قوت حافظه امام بخاری نه تنها در متن احادیث؛ بلکه در اسناد متعدد تمام احادیث و حتی تقدم و تأخر نام راویان آن در اسناد بود. هنگامی که قدرت حافظه و ضبط او در جهان اسلام انتشار یافت، بعضی نسبت به آن احساس سرافرازی می‌کردند و بعضی هم از روی حسادت، چنین قدرتی را برای حافظه‌ی امام بخاری یک مبالغه و غیر قابل قبول می‌پنداشتند.
صفات و خصوصیات امام بخاری رحمه‌الله
امام بخاری شخصی بی‌نهایت بردبار، اهل حیاء، دارای شجاعت، سخاوت، ورع، پرهیزگاری، زهد و تقوا بود. هر سحرگاه «سیزده» رکعت نماز می‌خواند و در ماه مبارک رمضان در سه شب قرآن را ختم می‌کرد و همیشه بر فقرا و مساکین انفاق می‌کرد. یک بار او در نماز ایستاده بود که زنبوری به لباس‌اش داخل شد و هفده جای بدنش را نیش زد، ولی نمازش را قطع نکرد؛ وقتی که از نماز فارغ شد، گفت: ببینید چه چیزی من را در نماز اذیت کرد؟ دیدند که زنبوری است و هفده جای بدن او را گزیده است.
عبدالله بن محمد صارفی می‌گوید: «من نزد امام بخاری در منزلش بودم که کنیزش آمد و می‌خواست داخل خانه شود، ناگهان پایش لغزید و امام به او گفت چگونه راه می‌روی؟ کنیز در جواب گفت: وقتی جایی برای رفت و آمد نباشد، چطور راه بروم؟ امام بخاری هر دو دست‌اش را بلند کرد و گفت: برو! تو آزاد هستی، به امام بخاری گفتند که آن کنیز تو را ناراحت کرد و تو او را آزاد کردی؟ ایشان در جواب گفتند: با آزاد کردن او خودم را راضی کردم».
قبولیت دعای امام بخاری رحمه‌الله
ایشان مستجاب الدعوه بودند. ایشان می‌فرمایند: «من دوبار دعا کردم و فوراً خدا دعایم را مستجاب کرد؛ از آن به بعد من ترسیدم که نکند خدا پاداش نیکی‌های من را در دنیا بدهد، دیگر برای مسایل دنیوی دعا نکردم».
ابتلای امام بخاری رحمه‌الله
امام بخاری آدم بزرگی بود. قاعده این است وقتی انسان پیشرفت می‌کند به او اذیت‌هایی می‌رسد؛ امام بخاری با مشکلات زیادی روبه‌رو شد؛ چنانچه مجبور شد که ترک وطن کند.
داستان اولین اخراج امام بخاری رحمه‌الله
وقتی ایشان از بغداد برگشتند، شروع به فتوا دادن کردند؛ اما یکی از بزرگان بخارا ایشان را از فتوا دادن منع کردند ولی ایشان قبول نکردند؛ چنانچه از امام در مسئله شیردهی سوال شد که با نوشیدن شیر حیوانات، حرمت رضاعت ثابت می‌شود؟ بعد از فتوای امام، شور و غوغایی بلند شد که ترک وطن کرد. اما در صداقت این داستان شک است؛ زیرا مسئله‌ای که به امام بخاری نسبت داده شده، درست نیست. این مرتبه اول بود که امام بخاری از بخارا اخراج شد.
بیرون شدن امام بخاری برای بار سوم در سال 250 به نیشابور بود. امام محمد بن یحیی ذهلی گفتند: «ما به استقبال او می‌رویم». امام مسلم گفت: «چنان استقبالی از او شد که از هیچ والی بزرگی استقبال نشده بود.
و در مساله‌ای که ایشان گفتند، قرآن غیر مخلوق است و افعال عباد مخلوق‌اند؛ بعضی گفتند که امام ذهلی به مردم گفتند که شما از او حدیث یاد بگیرید؛ وقتی مردم پیش امام بخاری رفتند، این بر امام ذهلی دشوار تمام شد لذا او تدبیر کرد و از همۀ مردم و شاگردان خواست که دیگر در مجلس او نروند؛ دراین هنگام امام مسلم درس امام ذهلی را ترک کرد و هرچه حدیث از او شنیده بود، پیش او انداخت و گفت: «من امام بخاری را ترک نمی‌کنم». امام احمد بن سلمه همراه ایشان از مجلس بلند شد.
امام بخاری نیشابور را ترک نمودند و اهل بخارا از ایشان بسیار استقبال کردند و مردم برای درس، زیاد پیش ایشان می‌رفتند و امیر بخارا به ایشان دستور داد که بیاید به دربار او و به فرزندانش علم حدیث بیاموزد؛ اما امام بخاری گفتند: «من علم را خوار نمی‌کنم». حاکم دستور داد که از شهر بیرون شود. ایشان این بار بد دعایی کردند که پروردگارا به این‌ها نشان بده؛ به اهل آن‌ها، به اولاد این‌ها و نفس‌های این‌ها؛ چنانچه زمان زیادی نگذشت که مردم بخارا علیه حاکم شورش کردند و از طرف دولت «ظاهریه» او را از مسند قدرت عزل نموده و بر الاغ سوار کردند و در تمام بخارا او را چرخاندند و آبرو و حیثیتی برای او باقی نگذاشتند.
و ایشان از آنجا بیرون شدند و به «بیکند» رفتند و در آنجا هم بر سر مسأله‌ای اختلاف شد و بعد مردم سمرقند ایشان را دعوت کردند و ایشان در منطقه‌ای به‌نام «خرتنگ» رفتند و طولی نکشید که بیمار شدند و در همان‌جا وفات کردند.
