محور تفکر فلسفی «شاه ولی الله» دِین است؛ زیرا به عقیده‌ی وی، دین یگانه منبع قدرت و نیرو برای مسلمانان است و انحطاط آنان نتیجه‌ی مستقیم بی‌اعتنایی نسبت به دین بوده است؛ بنابراین علاقه‌ی عمده‌ی وی این بود که مسلمانان به تعالیم اسلام بازگردند، وی اعتقادی راسخ به قوت و قدرت ایدئولوژی اسلامی داشت و معتقد بود که اگر این ایدئولوژی به‌طور کامل پذیرفته و صادقانه اجرا شود، امید به پیشرفت توأم با صلح و رفاه جامعه‌ی بشری در آن نهفته است؛ در نتیجه امام شاه ولی الله هم خود و هم دیگران را به‌منزه گردانیدن آرمان‌های اسلامی از تمامی تاثیر‌های ناسالم و فراهم آوردن زمینه‌ی تازه‌ی عقلانی برای مقابله با مبارزه‌طلبی‌ها و چالش‌های زمانه معطوف کرد.
استاد شاه ولی الله از اختلاف فاحش بین الگوی زندگی، آن‌گونه که در قرآن و سنّت آمده است و نمونه‌ی زندگیی که مسلمانان برای خود ساخته بودند و همچنین از اختلاف بین نهادهای اجتماعی و سیاسی که چهارچوب آن را اسلام فراهم کرده بود و نهادهایی که مسلمانان در مسیر تاریخ آن‌ها را به تکامل رسانده و برای خود تأسیس کرده بودند، کاملاً آگاه بود، با این حال «شاه صاحب» به خوبی می‌دانست که چرخ تاریخ را نمی‌توان به عقب برگرداند؛ لذا این فکر عاقلانه نبود که مسلمانان می‌توانند با همان الگویی زندگی کنند که در گذشته معتبر شناخته شده بود، با این توهم که آن الگو در زمان‌های آینده نیز معتبر خواهد بود.
بدین ترتیب برای مطالعه‌ی دقیق افکار امام شاه ولی الله باید در درجه‌ی اول تصور تاریخی داشت و بدون مراجعه به محیط فکریی که به او الهام می‌داد، پی‌بردن به کُنه ذخایر معنوی، تجارب فکری و عرفانیش کاری چندان آسان نیست؛ حتی نگاهی سرسری این مطلب را آشکار می‌کند که اولین و نیرومندترین تأثیری که پایدارترین نشانه را بر ذهن او حک کرد، از پدرش سرچشمه گرفته بود که در محضر پدرش بود و قرآن کریم و سنت را فرا گرفت و آن نوع ارشاد پُربهایی را که این‌ها متضمن آن بودند، به‌خوبی درک نمود؛ بنابراین می‌توان اذعان کرد که قرآن کریم و سنت آن، بنیان مرصوصی را تشکیل می‌دادند که روی بنای نظام فکری خود را بر آن استوار ساخت.
شاه ولی الله تا حد زیادی از امام غزالی خطابت و از شیخ الاسلام عزالدین بن عبدالسلام نیز متأثر بود، او از این علمای هنر، تعبیر عقلانی جوانب مختلف اسلام را فرا گرفت و در مقدمه‌ی خود بر «حجة الله البالغة» از آنان به احترام یاد می‌کند، ظاهراً به ابوالحسن اشعری، ابومنصور ماتریدی، ابن تیمیه و امام فخرالدین رازی نیز علاقه‌مند بوده است و در زمینه‌ی تصوف هم از ابن عربی و هم از شیخ احمد سرهندی متأثر بود.
